Противостояние Гусинского группе Путина не могло закончиться в его пользу. 13 июня 2000 года Гусинский был арестован и препровожден в следственный изолятор «Бутырка». Формальным основанием для ареста послужило заведенное еще в 1998 году уголовное дело по статье «мошенничество». Владельца НТВ обвинили в мошенничестве и отмывании средств, якобы добытых незаконным путем, на сумму два миллиарда рублей. На третий день Генеральный прокурор успокоил общественность следующим заявлением: «Соседями по камере Владимира Гусинского являются интеллигентные люди. Оба с высшим образованием». Прокурор также сообщил, что дело возбуждено по нарушениям в приватизации питерского ООО "Русское Видео — 11 телеканал". По версии прокурора, Гусинский еще в 1996 году «
Это был первый арест крупнейшего бизнесмена, владельца крупнейшего телеканала, медиа-магната, и он вызвал шок во всем мире. Неожиданно через две недели Генпрокуратура отпустила Гусинского, разрешив ему выехать за границу. По словам самого Гусинского, находясь в следственном изоляторе, он под давлением подписал соглашение о продаже акций «Медиа-Моста». Как известно, медиа-магнат тогда выехал в Испанию, но по новому запросу Генеральной прокуратуры РФ его арестовала 12 декабря 2000 года испанская полиция. Почему такой крутой поворот: выпустили, а потом потребовали арестовать? Потому что Гусинский отказался выполнить требования соглашения о продаже акций. В апреле 2001 года испанский суд отказал Генпрокуратуре РФ в экстрадиции Гусинского, посчитав доводы российских следователей неубедительными. Тогда Генпрокуратура выдвинула против Гусинского новые обвинения и, желая оказать давление на него, арестовала финансового директора «Моста» Антона Титова. Когда в апреле 2001 года я «заехал» в Лефортовскую тюрьму, — следственный изолятор ФСБ, — там уже сидел и Антон Титов. Ему инкриминировали сговор с Гусинским о «хищении мошенническим путем более пяти миллиардов рублей». По версии следствия, Титов по личному указанию Гусинского разработал схему по выводу за рубеж кредитов РАО «Газпром» в 1998–1999 годах. Дело Титова выделили в отдельное производство.
9 июля 2002 года Гусинский сдался: он окончательно избавился от своей медиа-империи в России, вынужден был сдаться. Мы (я, СМИ, общество) не располагаем сведениями, что стало последней каплей, заставившей его продать активы его медиа-холдинга. Но факт остается фактом: 9 июля 2002 года медиа-активы Гусинского приобрел холдинг «Газпром-медиа». "Газпром" получил блокирующие пакеты акций всех крупных структур бывшей медиа-империи Гусинского. Стоимость сделки была объявлена коммерческой тайной, но по единодушным оценкам, «Газпром» заплатил за акции значительно меньше их реальной рыночной стоимости. Глава «Газпрома» Алексей Миллер (вы помните его, он был с 1991 года членом Комитета по внешним связям ленинградской мэрии, председателем Комитета был Владимир Путин) тогда заявил, что это «