В конце 1939‐го и в 1940 году РПЦ неожиданно оказалась востребована властью в связи с присоединением Западной Белоруссии и Западной Украины, а затем прибалтийских республик, Бессарабии и Северной Буковины. На этих территориях действовали 3350 православных храмов, а приступить к немедленной ликвидации религиозных институций на вновь присоединенных территориях было политически нецелесообразно. На священнослужителей присоединенных областей властями было сочтено необходимым «распространить марионеточную по существу юрисдикцию в условиях нового для них общественного строя». Выполнять решение Сталина, принятое по представлению НКВД (формально — Московской патриархии), были направлены архиепископы Николай (Ярушевич) и Сергий (Воскресенский), управляющий делами Московской патриархии. Николай возглавил учрежденный 28 октября 1940 года по указу митрополита Сергия (Страгородского) Западный экзархат, в который входили западноукраинские и западнобелорусские епархии. Он был возведен в сан митрополита Волынского и Луцкого, затем Киевского. В конце 1940 года Сергий (Воскресенский) прибыл в Ригу, в начале 1941‐го был назначен митрополитом Виленским и Литовским, а затем возглавил Прибалтийский экзархат, учрежденный 14 марта 1941-го. В декабре 1940 года временное управление Кишиневской епархией было поручено епископу Тульскому Алексию (Сергееву).
«Колонизаторская» миссия РПЦ на присоединенных в 1939–1940 годах территориях дала Церкви отсрочку, однако не изменила конечных целей советского государства по ликвидации религиозных институций. Закрытие храмов и аресты священников продолжались, хотя и не с прежней интенсивностью. К примеру, в 1939–1940 годах в Пермской (с 1940-го — Молотовской) области было закрыто 139 православных молитвенных зданий. В первой половине 1941 года были закрыты 32 церкви и 5 часовен, включая единственный еще действовавший в Молотове храм. Последнее решение о закрытии церквей было принято Молотовским облисполкомом 20 июня 1941 года. В области осталось, по разным оценкам, от 6 до 11 храмов. Мнения исследователей о числе действующих православных храмов на «старых» советских территориях накануне войны расходятся: от 100 до 350–400. В любом случае это число было ничтожным.
Массовое закрытие храмов загнало верующих в подполье: любое молитвенное собрание могло быть квалифицировано как контрреволюционное сборище, а группа верующих приравнена к контрреволюционной организации. В этом случае к статье 58–10 добавлялась статья 58–11: «Всякого рода организационная деятельность, направленная к подготовке или совершению… контрреволюционных преступлений, приравнивается к совершению таковых и преследуется уголовным кодексом по соответствующим статьям». Это служило отягчающим обстоятельством наряду с «использованием религиозных пережитков» и могло подвести под расстрел. В случае с группами «церковников и сектантов» задача сотрудников НКВД и прокурорско-судейских работников облегчалась тем, что верующие не возносили молитв за здравие советских вождей. Любые критические слова в адрес власти интерпретировались как антисоветская агитация, которая и объявлялась главной целью «организации». К этому иногда добавлялись — в зависимости от усердия следователей и их способности выбить нужные показания — террористические намерения или подготовка вооруженного восстания, которые приписывали деятельности представителей любых конфессий.