В 1604 году дворец перешел во владение Генриха Фредерика, старшего сына короля Иакова I. Стюарты, переселившись из Шотландии в Англию, принялись обновлять и перестраивать доставшиеся им в наследство от Тюдоров дворцы. Наследник престола, круг интересов которого был очень широк, дополнил Сент-Джеймс и специальным помещением, в котором была пушка — принц увлекался артиллерией, приказал разбить тутовый сад для разведения шелкопрядов, и т. д. Так лее как и в Ричмонде, и в Уайтхолле, здесь разместились коллекции произведений искусства — этим увлекались и король Иаков, и оба его сына — Генрих Фредерик и будущий Карл I.
Так лее как и Ричмонд, Сент-Джеймс перешел к Карлу после смерти старшего брата, а когда в 1625 году Карл женился на французской принцессе Генриетте Марии Бурбон, дочери французского короля Генриха IV, то Сент-Джеймс из дворца для принцев превратился в частную резиденцию Карла и его молодой супруги. Там родилась большая часть их детей, в том числе и будущие короли Карл II и Иаков II — первые принцы, рождавшиеся когда-либо в этом дворце; там стояла главная колыбель государства, убранная кармазинным бархатом, золотой парчой и горностаем.
Столь нее роскошно было и убранство всего дворца — Карл I не жалел средств. Другое дело, что этих средств становилось все меньше и меньше, казна истощалась… Как писал в 1638 году французский посол, «невозможно описать количество покоев, чьи стены украшены роскошными тканями, где расставлена всевозможная мебель».
Во время революции и гражданской войны Сент-Джеймсский дворец стал тюрьмой для трех детей короля — принцессы Елизаветы, Генриха, герцога Глостерского, и Иакова, герцога Йоркского. Герцог Йоркский, второй по старшинству сын Карла I, провел там почти год, прежде чем смог бежать в 1648-м. Именно в этом дворце король провел свои последние дни в январе 1649 года перед своей казнью, там простился со своими детьми, которые еще оставались в Англии, 14-летней Елизаветой и восьмилетним Генрихом: «Принцесса, будучи старше, лучше осознавала, что происходит с ее царственным отцом, у нее был печальный вид, и она много плакала.
А ее маленький брат, глядя на слезы сестры, тоже стал печален, хотя, благодаря своим юным летам, еще не мог осознать, в чем дело. Король поднял их с колен, поцеловал и благословил, а затем, посадив к себе на колени, дал им наставления о том, как надлежит исполнять свой долг и блюсти верность королеве, их матери, и принцу, своему наследнику, любить герцога Йоркского и других родичей». Карл провел в Сент-Джеймсе эту свою последнюю ночь, а наутро следующего дня отправился по конвоем в свой другой дворец, Уайтхолл, где уже был воздвигнут эшафот…