Герцоги Виттенбергские, перейдя в лютеранскую веру, создали современную систему образования. Им нужны были эрудированные священнослужители, которые могли поддерживать собственное мнение в религиозных разногласиях, которые мутили всю страну, а так же они нуждались в эффективных администраторах. Протестантские университеты в Виттенберге и Тюбингене были интеллектуальными арсеналами новой веры; конфискованные здания монастырей и религиозных сообществ предоставляли идеальное размещение для сети начальных и средних школ, которые подкармливали университеты и канцелярии способными молодыми людьми. Система школьного образования и денежных пособий для "детей бедняков и верующих, которые сами по себе являются старательными и богобоязненными христианами" обеспечивали эффективный отбор кандидатов. В этом плане, перед Тридцатилетней войной Вюртемберг представлял собой современное "государство всеобщего благоденствия", только в миниатюре. Родители Кеплера явно никак не заботились про образование своего отпрыска; его преждевременные умственные способности автоматически гарантировали его поступление из школы в семинарию, затем в университет, будто передвигаясь на конвейерной ленте.
Курс обучения в семинарии велся на латыни, так что учеников строго заставляли пользоваться латынью даже в личном общении. Уже в начальной школе они могли читать комедии Плавта и Теренция, оттачивая разговорную беглость до ученой точности. Германский просторечный язык, хотя он и обрел новое достоинство после того, как Лютер перевел на него Библию, все еще не считался достойным средством выражения для людей ученых. В результате всего этого, стиль Кеплера, в тех статьях и письмах, которые были написаны им по-немецки, обладают очаровательно наивными и приземленными качествами, так что он, по контрасту с обезвоженной средневековой латынью, напоминает радостный гомон деревенской ярмарки после аскетизма лекторской аудитории. Немецкий язык каноника Коппернигка был смоделирован в соответствии с напыщенным и набожным "Канцелярским стилем" бюрократии; немецкий же язык Кеплера, похоже, моделировался в соответствии с заявлением Лютера: "Не следует подражать тем ослам, которые выспрашивают у латыни, как должен звучать немецкий язык; спрашивать следует у матери у нее в доме, у детей в сточных канавах, у простых людей на ярмарках, следить за их огромными ртами, когда те говорят и повторять соответственно".
После завершения начальной латинской школы, светлая голова Иоганна, плохое здоровье и заинтересованность религией сделали карьеру церковника очевидным выбором для него. Теологическая семинария, которую он посещал с тринадцатого до семнадцатого года жизни, была разделена на нижний (Адельберг) и высший (Маулбронн) курсы. Учебный курс здесь был весьма широк, к латыни прибавился греческий язык, занятия, наряду с теологией, включали изучение языческих классиков, риторики и диалектики, математики и музыки. Дисциплина была строгой: занятия начинались летом в четыре часа утра, зимой – в пять утра; семинаристы должны были одеваться в не имеющие рукавов, бесформенные плащи, прикрывавшие колени; дней отдыха практически не было. Юный Кеплер записал два из наиболее парадоксальных своих высказываний во времена пребывания семинарии: что изучение философии было симптомом упадка немцев; и что французский язык является более ценным для изучения, чем греческий. Неудивительно, что товарищи считали Кеплера нетерпимым яйцеголовым придурком и колотили его при любой возможности.
Он и вправду был столь же нелюбимым своими соучениками, сколь обожаемым своими друзьями в поздние годы жизни. В записях своего гороскопа, моменты, касающиеся физических скорбей, перемежаются другими строками, вскрывающими моральные страдания и одиночество: