Последние месяцы жизни Коперника должны были быть ужасно одинокими. Он отверг Ретикуса, а Ретикус отверг его самого. Гизе жил теперь далеко от Фромборка; Скултети изгнали. Один за другим умирали каноники из поколения ученого. Сам он не был очень-то любим своими современниками; к поколению, которое сейчас заняло их место, он мог обратиться даже в меньшей степени. Это молодое поколение даже не могло относиться к старику в его башне с уважительной скукой, приписываемой дряхлости, поскольку скандал с Анной приписал его репутации звание неудачливого распутника, опять же прошлые связи с сумасшедшим лютеранином тоже не улучшали картину. Практически, Коперник был предан остракизму.
Степень его одиночества можно оценить по письму, которое, сразу же после развития болезни Коперника, Гизе из Замка Лёбау написал одному из фромборкских каноников, Георгу Доннеру:
В самом конце 1542 года каноник Коппернигк перенес кровоизлияние в мозг, закончившееся частичным параличом, в результате чего он был прикован к постели. В начале 1543 года Дантиск написал астроному Гемма Фризию в Лювейн, что Коперник умирает. Только конец пришел только через несколько месяцев, 24 мая. В письме к Ретикусу, написанном спустя пару недель, Гизе отмечает это событие одним, трагическим предложением:
Нам известно, что разум обладает силами, позволяющими ему цепляться за жизнь и, в определенных пределах, отсрочивать смерть телесную. Разум Коперника блуждал, но, возможно, в мыслях еще осталось немного решимости держаться вплоть до того момента, когда ладонь смогла погладить обложку своей книги.
Состояние его разума в последние дни жизни выражено в отрывке из Фомы Аквинского, который он бегло набросал на книжной закладке:
На самом раннем из памятников Копернику, в церкви святого Иоанна в Торуни, имеется любопытная надпись, которая, как предполагается, была скопирована с какой-то из заметок самого ученого (цитируется по Циннеру). Это стихотворение Энея Сильвия: