С самого начала своей деятельности в Сколково Вексельберг стал привлекать Израиль. В июле 2011 г. он именно с этой целью посетил Израиль. 7 декабря 2011 г. в Москве он провел несколько часов в беседе с министром иностранных дел Израиля Авигдором Либерманом, который приехал на встречу с президентом «Сколково» сразу же после своих переговоров с президентом Путиным. На встрече обсуждались перспективы взаимодействия «Сколково» с израильскими исследовательскими центрами и частными структурами в сфере высоких технологий. (
«После того как Генпрокуратура нашла в 2012 г. в фонде «Сколково» нарушения на 22 млрд, рублей, под проверку силовиков могут попасть более двух десятков российских и западных компаний, которым наукоград фактически бесконтрольно раздавал десятки и сотни миллионов рублей в виде грантов, займов и по сомнительным контрактам, – писали «Известия» в июне 2012 г. – Теперь Генпрокуратура опасается, что в наукограде могут пропасть еще 125 млрд, рублей, которые планируется выделить в ближайшие годы из бюджета на его развитие»
По данным следствия, с 2010-го по 2012 год фонд получил из госбюджета около 50 млрд, рублей. Никакого контроля над тем, как они тратятся, не было. Воспользовавшись такой свободой, руководство фонда выводило деньги из «Сколково» с помощью теневых финансовых схем: в офшоры, на счета фирм-однодневок, аффилированных компаний и грантополучателей.
Источники в правоохранительных органах рассказали, что фондом «Сколково» было перечислено за период с 2010-го по 2011 год около 52,4 млн. рублей на счета иностранных консалтинговых компаний Urlich F Kunz Partners AG, Jurong Consultants Pte Ltd, UBS Swiss Financial Advisers AG, Maxmakers Ltd, Valode Pistre Management SA, Pierre De Meuron. Кроме того, 93,5 млн. рублей было переведено на счет российского филиала АО «Ренова менеджмент АГ» (Швейцария), где президентом остается Вексельберг. «По данным прокуроров, еще около 5,7 млрд, рублей было распределено в виде грантов среди «своих» грантополучателей еще до того, как фонд вообще определил порядок распределения дотаций, – отмечали «Известия». – 1,2 млрд, рублей ушло грантополучателям, несмотря на то, что профильное подразделение «Сколково» отказало им в получении денег. Еще 17 грантов на 3,6 млрд, рублей было выделено вообще без обоснованных заявок. В трех случаях прокуратура установила, что члены грантового комитета, а также президент фонда имели личную заинтересованность в этом». (
На гранты покупалась валюта, которую затем переводили за границу или на счета близких Вексельбергу фирм. В 2010 – 2011 годах фонд «Сколково» купил векселя в АКБ «Мостранс-банк», а также ценные бумаги на бирже ММВБ – на брокерский счет в ВТБ24 было перечислено 1,2 млрд. В марте 2012 года фонд заключил два договора на создание небольших рекламных роликов – по 60, 30 и 10 секунд. За работу над роликами «Сколково» заплатил 54 млн. рублей. Однако исследование рыночных цен показало, что реальная стоимость работ не превышает 5 млн. рублей. Таким образом, ущерб составил свыше 49 млн. рублей. На одни только консультации за два года фонд «Сколково» израсходовал около 600 млн. рублей, из которых 400 млн. были растрачены из-за завышенной стоимости консультационных услуг. Некоторые грантополучатели вывели деньги в фирмы-однодневки и офшоры – на счета руководителей компаний. 1,2 млрд. руб. грантовых денег были выделены при отрицательном заключении профильного кластера, 3,6 млрд. руб. – без экспертизы обоснованности заявок»