Ему было всего 16 лет, когда развалился Советский Союз. Он быстро понял, что его поколение жить при коммунизме не будет, и в 1991 году ушел в бизнес, став одним из создателей компании «Русспрофи Лтд.», которая занималась торговлей персональными компьютерами. В отличие от многих фирм-однодневок, созданных в те годы, она оказалась весьма успешной и к 1995 году всю команду «Русспрофи» взяли в российско-американское совместное предприятие International Network Connections (INC). В этой фирме он стал через год исполнительным директором (Версия, 25.01.2012, 6.02.2012).
В начале 2000-х годов Пономарев уходит в нефтяной бизнес и работает топ-менеджером крупных нефтяных компаний – Schlumberger и ЮКОС Ходорковского. Транснациональная корпорация «Шлюмберже Лимитед» (имеет штаб-квартиры в Париже, Хьюстоне (США) и Гааге), ведущий мировой поставщик технологий для нефтегазовой отрасли – от геологоразведки до добычи. Она действовала в России еще до революции и вернулась к нам в 90-е годы. В 2013 году ее выручка от продолжающихся операций составила 45,27 млрд. долл. США. В 1998–2001 годах Пономарев занимал ряд высших должностей в ЮКОСе. В пору последефолтовского кризиса он курировал компьютеризацию всех подразделений холдинга, возглавлял дочернюю компанию «ЮКОСа» «Сибинтек», занимался другими, не менее перспективными проектами. В тот период Михаил Ходорковский увлекся идеей захвата власти в России и принялся «окучивать» оппозицию, в том числе КПРФ. В ЮКОСе за это отвечал председатель совета директоров компании Сергей Муравленко. Сообщалось, что КПРФ передало представителям ЮКОСа около десяти мандатов в своей фракции. Сколько за это заплатил ЮКОС в казну Зюганова, точно никто документами подтвердить не мог. Сообщалось только, что ЮКОС выделит КПРФ спонсорскую помощь в объеме 70 млн. долларов. Эти деньги в ЮКОСе собирались передавать партии на протяжении 5 лет – с 2003 по 2007 год, в рамках стратегического соглашения между ЮКОСом и КПРФ (Пресс-Центр. Ру. 20. 01.2003). Источники в ФСБ сообщали о передаче руководству КПРФ единовременной суммы в размере 10 млн. долларов. (См.: «Аналитическая записка, представленная одному из руководителей Комитета финансового мониторинга от высокопоставленного сотрудника ФСБ, опирающаяся на источники в Администрации Президента». Компромат, ру. 4.11.2003) Одновременно Ходорковский финансировал и другие партии – «Яблоку» выделили порядка $5 млн. и $3 млн. – СПС. Главным посредником между Муравленко и КПРФ был руководитель аналитического управления ЮКОСа генерал-майор госбезопасности Алексей Кондауров, который до перехода в ЮКОС в 1998 г. возглавлял центр общественных связей ФСК, затем ФСБ (с 1993 по 1998 гг.) С 1994 года он участвовал также в создании и деятельности политического движения «Духовное наследие» Подберезкина, входя в его Центральный совет. В 1999 году неудачно баллотировался в депутаты Государственной думы от КПРФ. После ареста Михаила Ходорковского в октябре 2003 года неоднократно выступал в его защиту. С декабря 2003 года по декабрь 2007 года – депутат Государственной Думы четвертого созыва. Пономарев вступил в КПРФ в 2002 году и с июня 2002 года по январь 2004 года был директором информационно-технологического центра ЦК КПРФ (См.: «Новая газета», 17 июля 2003 г.). Кроме того, в 2003 году Пономарев стал директором Центра новой политики Института проблем глобализации, созданного левым экономистом Михаилом Делягиным, близким к КПРФ.Как видим, идея прихода олигархов к политической власти с помощью левых и других оппозиционных сил – не нова. Новое разве что в ставке на объединение системной и несистемной оппозиции. На КПРФ, правда, теперь уже ставки не делают, т. к. она полностью интегрирована в существующую политическую систему и в революции играть не собирается. Именно на этой почве Кондауров в 2008 г. разошелся с КПРФ, т. к. открыто критиковал Г.Зюганова. 10 марта 2010 года он подписал обращение «болотной» оппозиции «Путин должен уйти». 4 октября 2010 года Алексей Кондауров и Андрей Пионтковский опубликовали на сайте Грани. ру статью «Как нам победить клептократию», где предложили выдвинуть в президенты единого кандидата от правой и левой оппозиции.