Переломный момент наступил в 1898 году, когда Испания потерпела болезненное военное поражение в борьбе с США за последние свои колонии на Американском континенте. Четыре столетия империи Нового Света подошли к концу. Католики обвинили в этом национальном унижении масонов — как испанских, так и тех, кто был на Кубе и Филиппинах. Полиция совершила налет на мадридские штаб-квартиры «Великого востока» Испании и «Национального Великого востока», двух важнейших масонских руководящих органов страны. Многие вышли из лож. После 1898 года своя антимасонская философия появилась у военных. Вырастут два поколения офицеров, считающих, что пятая колонна масонов способствовала поражению Испании и активно препятствовала попыткам получения новых территорий в Марокко.
Стремительные социальные изменения начала XX века лишь ужесточили спор «Церковь против государства». Несмотря на то что развитие масонства было приостановлено, церковный страх перед ложами возрос. Чем больше система пропитывалась католической идеей общества, основанной на религии, собственности, порядке и семье, тем меньше она была способна противостоять вызовам современности и тем больше врагов приобретала Церковь. Либералы насаждали стремление к секуляризации, росла угроза атеистического социализма. Произошел ряд антиклерикальных восстаний. Выступления рабочего класса в Барселоне в 1909 году, известные как «Трагическая неделя», начались с того, что радикалы, социалисты и анархисты обезглавили статуи святых и религиозных деятелей, осквернили могилы и подожгли церкви. К концу Первой мировой войны Церковь ненавидели целые пласты испанского общества, особенно городской рабочий класс и ожесточенное крестьянство на юге страны. Судьба испанских масонов была неопределенной: они были поборниками либеральных идей, к которым все чаще начинали относиться с презрением как правые, так и левые.
В 1923 году на фоне забастовок, беспорядков и международного страха перед большевистской революцией военная диктатура генерала Мигеля Примо де Риверы отказалась от конституционного правительства, чем обрадовала представителей Церкви. Масонство подвергалось преследованиям, хотя и не было запрещено. «Протоколы сионских мудрецов», в которых рассказывалось о жидомасонском заговоре, были впервые переведены на испанский язык как раз в то время. Отныне евреи были постоянными партнерами масонов в воображаемом заговоре. Но отчасти потому, что евреев в Испании было очень мало — они, как известно, были изгнаны еще в 1492 году, — угроза с их стороны не казалась чем-то реальным. Масоны, напротив, казались угрозой вполне явной.
Диктатура Примо де Риверы пала, потому что его попытки провести консервативную реформу только усилили противодействие даже со стороны военных. С падением диктатуры пал и исторический союзник Церкви — монархия. Когда в апреле 1931 года была провозглашена демократическая республика, силы передовой светской идеологии наконец-то получили шанс направить Испанию в будущее. Многие масоны, верные давним конституционным симпатиям братства, взяли на себя ведущую роль. Из 468 членов Учредительного собрания, избранных в июне 1931 года с целью составления конституции республики, 149 предположительно были масонами (чуть меньше трети). Эти данные тем более примечательны, что во всей стране масонов насчитывалось всего около пяти тысяч. Тем не менее они рассматривали республику как свое творение. Вот что писалось в журнале, издаваемом испанскими масонами Шотландского устава: «Не было более совершенной масонской политической революции, чем испанская. Всем руководили умеренность, справедливость, порядок, сдержанность, гуманизм, терпимость и благочестие».
Католиков, даже тех, кто поддерживал республику, такой настрой насторожил. Вновь заговорили о масонском заговоре. Конституция для республики была написана не иначе как вольными каменщиками. Были приняты гражданский брак и развод, а также свобода вероисповедания. Религиозные ордена монахов, монахинь и священников были лишены какой-либо роли в образовании. «Испания перестала быть католической», — ликовал в октябре 1931 года выдающийся республиканский министр Мануэль Асанья. К ужасу католиков, Асанья сначала был премьер-министром, а затем президентом республики. Правительство издало провокационные директивы, запрещающие религиозные захоронения и процессии.