Сохранилось лишь три картины, написанные Алексеевым в Италии. Это «Морской вид» (1775, частное собрание), «Вид на набережную Скьявони» (частное собрание) и «Итальянский вид» (Третьяковская галерея, Москва). Доподлинно известно, что в Неаполе художнику побывать не довелось, поэтому изображение города и Везувия написано, скорее всего, по старой гравюре. Алексеев стремился работать над пейзажами, но руководство Академии художеств, познакомившись с донесениями Маруцци, встретило художника неласково. Ему не дали программы на звание академика и направили служить в дирекцию императорских театров, в мастерскую по созданию декораций. Спустя какое-то время Алексеев стал выполнять обязанности живописца при театральном училище.
Ф. Я. Алексеев. «Вид Дворцовой набережной от Петропавловской крепости», 1794, Третьяковская галерея, Москва
Кроме того, по заказу Кабинета Екатерины II он делал для Эрмитажа копии с картин А. Каналетто, Ф. Гварди и Б. Беллотто. Эта работа помогала ему совершенствовать собственное мастерство, но все же художник мечтал создавать свои картины. Его надеждам суждено было сбыться лишь через шестнадцать лет после окончания итальянской командировки.
В 1793 году по заказу князя Н. Б. Юсупова, бывшего в то время директором императорских театров, Алексеев написал картину «Вид Петропавловской крепости и Дворцовой набережной» (Музей-усадьба Архангельское). Полотно получилось настолько удачным, что почти мгновенно изменило судьбу художника. Спустя год за копию с пейзажа Каналетто, созданную еще в Венеции, Алексеев получил долгожданное звание назначенного, а всего через несколько месяцев стал академиком за композицию «Вид города Санкт-Петербурга по Неве-реке». Вероятно, за опального художника вступился его заказчик, князь Юсупов.
Одна из лучших работ Алексеева этого времени — поэтический пейзаж «Вид Дворцовой набережной от Петропавловской крепости» (1794, Третьяковская галерея, Москва). На полотне изображена самая красивая часть Петербурга — набережная, идущая от Мраморного дворца к летнему саду. На первом плане высится Екатерининский бастион Петропавловской крепости, далее — спокойная водная гладь Невы. На стенах зданий, решетке Летнего сада, зеленовато-голубой воде лежат солнечные блики. Веет весенней прохладой от реки и голубого неба, по которому разметались облака. Праздничное настроение вносят в изображение лодки, плывущие по реке, и фигуры горожан, прогуливающихся или занятых своими делами.
Ф. Я. Алексеев. «Вид на Михайловский замок в Петербурге», Третьяковская галерея, Москва
Ф. Я. Алексеев. «Красная площадь в Москве», 1801, Третьяковская галерея, Москва
Алексеев стремится точно передать местность, но это не лишает картину эмоционального настроя. Светлый образ «Северной Венеции», как любовно называли свой город петербуржцы, предстает перед глазами зрителя и наполняет душу ясностью и спокойствием.
Чудесные виды Петербурга принесли художнику славу. Вскоре он получил заказ Академии художеств на создание серии картин, изображающих южные города, в которых побывала Екатерина II при посещении Крыма.
На юге Алексеев с увлечением рисовал архитектуру городов, выстроенных среди степей. Он сделал здесь чудесные акварели («Городская площадь в Херсоне», Третьяковская галерея, Москва), по которым уже в Петербурге написал картины. К 1797–1800-м годам относятся виды Херсона, Николаева, Полтавы, Бахчисарая («Вид города Николаева», 1799, Третьяковская галерея, Москва). Эти пейзажи отражают стремление мастера передать материальную сущность архитектурных построек. Более плотным и густым становится мазок, изменяется и цветовая гамма, тяготеющая к золотисто-коричневым оттенкам.
Вернувшись в столицу, Алексеев продолжил работу над видами Петербурга. В это время появилась чудесная акварель «Вид на Михайловский замок в Петербурге» (Третьяковская галерея, Москва). Написанная нежными и легкими красками, она передает живое очарование города. По этой акварели была написана картина с таким же названием, но в ней художнику не удалось сохранить свежесть и непосредственность впечатления, присущие акварельному пейзажу.
Вскоре Алексеев получил от Академии художеств указание отправиться в Москву, а затем в другие города с целью создания живописных видов. Осенью 1800 года вместе с помощниками — двумя молодыми художниками — он отправился в путь.
Москва вызвала восхищение мастера. Он начал работать над картиной «Красная площадь в Москве» (Третьяковская галерея, Москва) и вскоре написал для нее первый акварельный эскиз. Картину Алексеев завершил в 1801 году.