В апреле 1943 г. на повестку дня вновь встал вопрос изменения аэродинамической схемы Ме 163В. 14 апреля в Берлине, в институте DVL, состоялось специальное совещание, посвященное этому вопросу. После длительной дискуссии пришли к выводу, что производство Ме 163В зашло настолько далеко (ведется сборка первых 70 самолетов, заказано ещё 200 машин), что внесение столь серьезных изменений не представляется целесообразным. Весной 1943 г. также велись испытания навигационного оборудования Ме 163В и нового амортизированного пилотского кресла. Разработка последнего была инициирована врачом, доктором Шнейдером (Schneider), известным специалистом в области авиационной медицины, обследовавшим пилотов «Комет» с повреждениями позвоночника. Он предложил применить кресло с анатомическими очертаниями и специальным амортизатором. Амортизатор должен был поглощать энергию, не поглощенную амортизаторами посадочной лыжи. Разработкой амортизирующего устройства кресла занимался инженер Латшер (Latscher), взяв за образец амортизаторы. автомобиля «Фольксваген»!
Трудный путь в серию
Нарастающие противоречия между Лип-пишем и Мессершмиттом привели 28 апреля 1943 г. к расформированию отдела «L» и уходу Липпиша. Официальной причиной стало отсутствие согласия последнего на постройку варианта Ме 163В с поршневым мотором (этот проект в Техническом отделе рейхсминистерства авиации обозначался как 8-334, и, в конечном итоге, так и не был реализован). Но на деле Мессершмитт на фоне неудачи с Ме 210 и затягиванием работ по Ме 262 пытался присвоить себе проект Ме 163, отодвинув Липпиша «в тень». Липпиш с частью сотрудников, работавших с ним ещё со времен DFS, перешел в Luftfahrtforschung Wien (Институт аэронавтики в Вене), где продолжил исследования самолетов-бесхвосток.
В мае 1943 г. рейхсминистерство авиации постановило, что предприятия «Мессершмитта» должны сосредоточиться на увеличении выпуска поршневых истребителей Bf 109 и Bf 110, в которых остро нуждалось люфтваффе. Постройку предсерийных Ме 163В под контролем специалистов «Мессершмитта» должен был завершить завод «Клемм» в Бёблингене, после чего это предприятие переходило к самостоятельной постройке серийных ракетопланов. К тому времени на «Мессершмитте» в различных стадиях сборки находилось 23 Ме 163В.
Однако хозяин бёблингенского завода доктор Ганс Клемм (Hans Klemm) принципиально отказывался выпускать боевые самолеты — он слыл пацифистом и соглашался строить лишь учебные аэропланы для люфтваффе, дабы обеспечить работой своих сотрудников. 23 мая 1943 г. Клемма устранили от управления предприятием, назначив нового директора Венца (Wenz), лишенного «глупых пацифистских предрассудков».
Выпуск Ме 163В на фирме «Клемм» осуществлялось в широкой кооперации с другими предприятиями — отдельные узлы должны были поставлять фирмы «Флеттнер», «Фокке-Ахгелис», «Вольф Хирт», «Шемп унд Бизер». Топливные баки выпускались в Коттбусе, гидравлические амортизаторы — в Зонненберге, а, например, бронированную носовую часть фюзеляжа предполагалось изготавливать аж в Румынии. В самом Бёблингене находилось два предприятия «Клемм»: завод № 2 на ул. Зиндельфингерштрассе выпускала крылья и фюзеляжи, а окончательная сборка «Комет» осуществлялась на заводе № 1 на ул. Калверштрассе. Возрастание объемов производства требовало дополнительной рабочей силы, и на «Клемм» направили значительный контингент «остарбайтеров», в основном женщин. Но если сборку Ме 163В ещё можно было поручить низкоквалифицированным рабочим (благо, в технологическом отношении самолет был довольно простым), то для проведения летных испытаний серийных машин требовались опытные пилоты. Летом 1943 г. в EKdo 16 прошли подготовку три заводских летчика-испытателя — Фой (Voy), Першалл (Perschall) и Лам (Lam).
Первые выпущенные Ме 163В использовались для различных испытаний в Пенемюнде и Равенсбурге — как с двигателями, так и в безмоторном варианте. В частности, на самолете Me 163B(V1) испытывался тормозной парашют, V2 после ракетного полета 17 августа 1942 г. использовался для наземной отработки вооружения и другого оборудования, V3 применялся для испытаний ЖРД на заводе «Вальтер». На V4, получившем ЖРД R II-203b, испытывалось в полете радиооборудование, на V6 — гермокабина. Самолет Me 163B(V7) применялся для отработки варианта вооружения 30-мм пушками МК 108, а Me 163B(V8), также с двигателем R II-203b — для комплексных испытаний в Пенемюнде с полным составом вооружения и оборудования, предназначенным для серийного самолета.