Тем временем, в EKdo 16 продолжалась подготовка пилотов для будущих частей ракетных истребителей. Как и ранее, летали на моторных Ме 163А и безмоторных Ме 163В. Летом 1943 г. в «Испытательной команде 16» числилось около 30 летчиков. Шпёте был командиром EKdo 16, Пёс — адъютантом, Опиц — руководителем полетов, Талер и гауптман Отто Бёнер (Otto Bohner) — заместителями по технической части. В организационном отношении команда состояла из управления и двух штаффелей (отрядов). С 8 октября 1943 г. командование EKdo 16 принял гауптман Роберт Олейник (Robert Olejnik), один из опытнейших летчиков-истребителей люфтваффе. Своей необычной для немца фамилии он обязан отцу — украинцу, горному инженеру, эмигрировавшему в Германию ещё до Первой мировой войны. Там, в Эссене, 9 марта 1911 г. и родился Роберт. С октября 1933 г. он обучался в Немецкой школе транспортной авиации, с марта 1935 г. служил в люфтваффе — сначала инструктором, а с 1940 г. — в истребительных частях. Участвовал в «битве за Англию», во время которой открыл боевой счет, сбив 26 августа 1940 г. британского «Харрикейна». Ранним утром 22 июня 1941 г. у Львова он сбил советский истребители И-16 — эта победа считается первой, одержанной люфтваффе в войне против СССР. Ко времени назначения в EKdo 16 на счету Олейника было 42 воздушные победы. Дальнейшая его военная карьера была неразрывно связана с ракетными истребителями.
Наряду с летным составом, обучались и техники — ведь эксплуатация Ме 163В не имела ничего общего с поршневыми истребителями. Их подготовку возглавлял обер-лейтенант Отто Эртцен (Otto Oertzen), инженер с завода Вальтера.
24 июля 1943 г. в Рехлин прибыло высшее руководство люфтваффе во главе с самим рейхсмаршалом Германом Герингом (Herman Goring). В полете, наряду с другими машинами, были продемонстрированы Ме 163А (пилот Й. Пёс), Ме 163В^21) (Р. Опиц), а также Ме 262. Поскольку количество предусмотренных к показу самолетов было достаточно велико, каждому из них отвели не более 2 минут. Наблюдая полет Ме 163В, Геринг задал массу вопросов, интересуясь, главным образом, скоростью самолета на разных этапах полета. Легкое замешательство присутствующих вызвал вопрос рейхсмаршала: «а как «Комет» погасит скорость до посадочных 50 км/ч?» Сопровождающим лицам потребовалось немало такта и времени, чтобы разъяснить Герингу, что современные самолеты садятся со скоростями гораздо большими, чем те, на которых он летал во время Первой мировой войны.
Работам по Ме 163В в меру своих все возрастающих возможностей мешала англоамериканская бомбардировочная авиация. 17 августа 1943 г. 126 «Летающих крепостей» В-17 отбомбились по предприятиям «Мессершмитт» и «Клемм», причинив значительные потери. В частности, в Бёблингене было уничтожено 11 готовых Ме 163В, а на заводе «Мессершмитт» разрушена линия по выпуск Bf 109. Это привело, с одной стороны, к ускоренной передаче производства «Комет» на фирму «Клемм», а с другой — практически избавило последнюю от надзора со стороны прикомандированных инженеров «Месершмитта» — те понадобились для восстановления производства на родном заводе.
В ночь с 17 на 18 августа налету 597 британских бомбардировщиков подвергся исследовательско-испытательный центр в Пенемюнде. Хотя бомбежка, причинившая существенные разрушения, не затронула расположение EKdo 16, рейхсминистерство авиации решило перевести испытательную команду в более безопасное место — первоначально в Анклам, а затем в Бад Цвишенан под Ольденбургом. К тому времени персонал ЕК 16 насчитывал 150 человек, в т. ч. 5 пилотов-инструкторов и 23 летчика, обучаемых на Ме 163. В распоряжении команды было восемь Ме 163 (7 Ме 163А и единственный Ме 163В), три планера и пять самолетов-буксировщиков и связных машин.
Подготовка будущих пилотов ракетопланов была многоступенчатой, а её главным компонентов являлось освоение пилотирования и посадки в безмоторном режиме. При этом летчики тренировались на нескольких типах планеров, отличавшихся постепенно увеличивавшейся посадочной скоростью. Начиналось обучение с тренировок на планере «Краних» («Журавль»), затем курсанты переходили на «Хабихт» («Ястреб») с размахом крыла 13,60 м. После приобретения необходимых навыков начинались полеты на другой модификации «Хабихта» с крылом размахом