Особое место в республике занимала аристократия, сформировавшаяся из мелких и средних рыцарей и купечества, сумевших придать власти во Флоренции ярко выраженный олигархический характер. Термин «олигархия» впервые был использован в трудах античных философов Платона и Аристотеля для обозначения власти богатых людей, противопоставляющих себя власти аристократии. Богатейшие семейства Флоренции, обязанные своим богатствам не знатности происхождения, а исключительно коммерческой удаче и успеху, начинают постепенно включаться в борьбу за власть над городом, вытесняя с политической арены представителей аристократических кругов. Формированию олигархического характера правления во Флоренции во многом способствовали внешние факторы. В XIII в. Флоренция объединилась с городом Луккой, чтобы вместе вести борьбу с общим противником Пизой — крупнейшим морским портом Тосканы. Объединение Флоренции и Лукки послужило поводом для начала борьбы внутри Флоренции между партией гвельфов и гибеллинов.
Партии гвельфов и гибеллинов объединили в непримиримой борьбе сторонников и противников папы римского и императора Священной Римской империи. Если гвельфы выступали за переход власти в городе под покровительство папы римского, то гибеллины, наоборот, считали, что власть должна быть передана императору Священной Римской империи. В разные периоды истории власть во Флоренции переходила с переменным успехом от гвельфов к гибеллинам и наоборот, что не могло не сказаться на политической атмосфере в городе. Бурная политическая борьба в городе между гвельфами и гибеллинами, нарушавшая размеренную жизнь города, жители которого выступали против концентрации власти в руках одного человека, предсказуемо привела к изменению внутренней политики Флоренции. Коллегию двенадцати консулов неожиданно сменил подеста, превратившийся в единовластного правителя Флоренции. Новая должность представляла интересы все тех же торгово-ремесленных слоев, которые со временем стали основой олигархии. Объединяясь в цеховое братство, пополаны вели успешную борьбу с представителями аристократии, не желая делить с ними власть в городе.
В 1238 г. новым подестой был назначен незаконнорожденный сын императора Священной Римской империи Фридрих Антиохийский, что привело к вновь начавшейся борьбе между гвельфами и гибеллинами. Результатом противостояния стало установление во Флоренции в 1250 г. периода первой демократии. Подеста был отстранен от власти, а во главе республики встал капитан народа, являвшийся главой малой пополанской коммуны. Одновременно флорентинцы избрали Совет старейшин, сконцентрировавший в своих руках финансовое и фискальное управление республикой.
С 1260 по 1293 г. во Флоренции устанавливается период приората и переход власти к сторонникам императора, продлившийся достаточно недолго. Острая политическая борьба, разворачивавшаяся между гвельфами и гибеллинами, не помешала Флоренции к концу XIV в. превратиться в ведущий промышленный и финансовый центр Европы, где успешно развивались банки, мануфактурное производство, формировались основы капиталистических отношений.
После отстранения от власти сторонников императора во Флоренции была проведена принципиально новая система управления городом. Было введено полезное новшество: теперь на государственные должности чиновники выбирались по жребию. При этом за каждым из 21 цеха Флоренции закреплялось право на власть. Затем изжившая себя система советов и коллегий была упразднена, а вместо нее были созданы Совет коммуны, которому были вручены судебные и законодательные полномочия; Совет народа при капитане, отстаивавший интересы цехов, и Совет 100, выполнявший роль Сената республики. Во Флоренции появились 16 гонфалоньеров, представлявших интересы 16 районов и вместе с 12 ранее избранными старшинами образовавших Совет Синьории. Совет Синьории занимался утверждением законов, предлагаемых приорами до рассмотрения в Совете. При вновь созданной системе управления Совет народа и Совет коммуны представляли высшие законодательные органы Флорентийской республики.
Продуманная до тонкостей система управления делала невозможной любую узурпацию власти в городе одним лицом, сохраняя тем самым заветы предков. В 1343 г. Синьория состояла из 9 приоров, причем распределение по цеховой принадлежности было осуществлено следующим образом: два приоров избирались от старших цехов, три от средних, три от младших. Последний, девятый, приор избирался поочередно от каждого цеха. Подобная система власти открывала доступ к управлению городом представителям младших цехов. В середине XIV в. возможность избираться на государственные должности во Флоренции получили члены 21 цеха. Исключение составляли магнаты, иммигранты, наемные рабочие, нецеховые ремесленники. По закону, проведенному в 1351 г., в обязанности Синьории входило выявление граждан, уличенных в симпатии гибеллинам, также отстраняемых от выборов. Закон 1351 г. на деле позволял с легкостью избавляться от неугодных, стремящихся к власти.