Вернувшись во Францию после этой победы, первый консул не счёл возможным доверить командование армией кому-либо другому, кроме Массены. Но через несколько месяцев против последнего вновь раздались жалобы, подобные тем, какие когда-то раздавались в Римской армии. Со всех сторон слышались грозные требования расследовать нечистоплотность Массены в финансовых вопросах. Новые налоги добавились к прежним, под разными предлогами проводились многочисленные реквизиции, а войска по-прежнему не получали жалованье! Первый консул, когда ему сообщили о подобном положении вещей, сразу и без объяснений отстранил Массену от командования армией. Вернувшись к гражданской жизни, тот выразил своё недовольство отказом голосовать за пожизненную должность консула. Он также воздержался от появления при новом дворе. Но всё это не помешало первому консулу наградить его почётным оружием.
Когда Бонапарт надел императорскую корону и наградил генералов, оказавших Родине самые большие услуги, он внёс Массену в первый список маршалов и надел ему через плечо ленту ордена Почётного легиона, назначив его главой четырнадцатой когорты кавалеров этого ордена, который император только что учредил. Эти высокие почести и громадное жалованье умиротворили Массену и сгладили его недовольство после отстранения от командования Итальянской армией. Поэтому он проголосовал за Империю, отправился в Тюильри и присутствовал на церемонии коронации.
Когда в 1805 году Третья коалиция стала угрожать Франции, император доверил Массене с 40 тысячами солдат защиту Италии против эрцгерцога Карла, имевшего 80 тысяч солдат. В этом деле было множество трудностей. Однако Массена не только сохранил Ломбардию, но, атаковав противника, отбросил его из Тальяменто. Массена настолько замедлил продвижение австрийцев, что австрийский военачальник не смог вовремя добраться до Вены для её спасения и опоздал также соединиться с русской армией, которую император разбил под Аустерлицем. Тем не менее император, похоже, не очень высоко оценил заслуги Массены в этой кампании. Он упрекал его в том, что тот не действовал с присущей ему обычно смелостью. Это не помешало императору после подписания Прессбургского мирного трактата поручить Массене завоевание Неаполитанского королевства, на трон которого Наполеон хотел посадить своего брата Жозефа. Всего за месяц французы захватили всю эту страну, за исключением крепости Гаэта. Её Массена в конце концов тоже взял после долгой осады. Но в то время, когда он руководил атаками на этот город, Массена испытал очень большое огорчение. Громадная сумма денег, принадлежавшая ему, как он утверждал, была конфискована императором! Этот любопытный случай заслуживает, чтобы о нем рассказать.
Наполеон, убеждённый, что наилучший способ заставить англичан запросить мира — это разрушить их торговлю, противодействуя проникновению английских товаров на континент, приказал захватывать все английские товары и сжигать их во всех странах, находившихся под его властью, то есть более чем в половине Европы. Но любовь к золоту столь могущественна, а торговля — дело такое тонкое! Короче, был изобретён надёжнейший способ контрабанды. При этом английские торговцы, с которыми существовала договорённость, отправляли один или несколько кораблей с товарами так, чтобы их захватил кто-нибудь из наших корсаров. Тот отводил их в один или несколько портов, занятых нашими войсками — от шведской Померании до самых окраин Неаполитанского королевства. После осуществления этого первого акта оставалось выгрузить товары и доставить их на рынок, избежав конфискации. Огромная протяжённость побережий завоёванных стран не позволяла таможенникам надёжно охранять их, поэтому морской берег охраняли солдаты, находившиеся под командованием генералов, которым было поручено управление провинциями, занятыми нашими войсками. Так что для пропуска тюков с товарами достаточно было разрешения одного из генералов. Потом торговцы «договаривались» со своим покровителем. Это называли «лицензией» или «откатом».