Потенциальный противник теперь находился на севере. Шотландцы уже пригласили короля Карла II в их королевство, а в марте между двумя сторонами начались переговоры в Бреде, городе на юге Нидерландов, где тогда пребывал молодой король со своим двором. Парламент и Государственный совет основательно обеспокоились перспективой такого союза, и Кромвель скоро понял, что Англии необходимо его присутствие. В конце мая 1650 года он отплыл домой, оставив Генри Айртона главнокомандующим в Ирландии. Когда Кромвель сходил на берег в Бристоле, его встречали как героя.
Карл II искал любой поддержки, и упускать шанс опереться на шотландскую армию не следовало. Поэтому, поднявшись на борт корабля 23 июня, непосредственно перед отплытием в Шотландию, он подписал торжественное обещание одобрить Национальный ковенант и гарантировал, что пресвитерианство будет государственной религией не только в Шотландии, но и в Англии. Он дал заведомо ложную клятву, нимало не заботясь о пресвитерианах или их противниках, для него больше значили его сиюминутные интересы. Один шотландский переговорщик, Александр Джеффрей, позже заключил, что «он аморально согласился на то, что мы совершенно аморально ему навязывали». Король научился, как и его отец, искусству притворяться и лицемерить. Тем не менее эта подпись означала, что война теперь неизбежна.
Сэр Томас Ферфакс отказался вести английскую армию в Шотландию на том основании, что вторжение нарушит «Торжественную лигу и Ковенант», подписанные двумя странами семь лет назад и на тот момент не аннулированные. Кромвель возразил вопросом: «Не лучше ли вести войну внутри другой страны, чем в собственной?» Его довод прозвучал убедительно, и именно он снова возглавил армию. Ферфакс, сомневаясь в направлении развития содружества и совершенно не желая полностью свергать короля, подал в отставку с поста главнокомандующего. Его сменил Кромвель.
23 июля Кромвель пересек границу с 11 000 кавалеристов и пехотинцев, однако противника не встретил. Командующий шотландскими силами Дэвид Лесли предпочел выматывать врага, отрезав Кромвеля от коммуникаций с Англией, вместо того чтобы дать открытый бой. Он преуспел в этом отношении. Кромвелю пришлось отступить к прибрежному городу Данбар, в 48,3 километра к востоку от Эдинбурга. Тогда Лесли совершил бросок вперед и лишил Кромвеля средств снабжения армии. Командиры с обеих сторон верили в Божественное Провидение и справедливость своего дела. Обе стороны постились и молились, их пресвитеры произносили долгие проповеди. По выражению того времени, гвоздь можно вытащить только еще более крепким гвоздем.
У Данбара Лесли посчитал, что англичане заперты между его армией и морем. Он выжидал на возвышенности, однако шотландские пресвитеры убедили его идти вниз на врага. Кромвель увидел маневр шотландцев и воскликнул: «Бог доставляет их в наши руки, они идут к нам». Так и случилось. Англичане кричали: «Господь воинств!», а боевым кличем шотландцев был «Ковенант!». После недолгого сопротивления шотландцев обратили в бегство: 3000 погибли, 10 000 попали в плен. Потери англичан были незначительны. Очевидец сообщил Джону Обри, что после сражения Кромвель «хохотал громко, словно пьяный; его глаза искрились радостью». Вся южная часть Шотландии перешла в руки англичан. Другие последствия не заставили себя ждать. При очевидном решении Господа не в их пользу пресвитерианские проповедники потеряли значительную часть своего авторитета; больше никогда ковенантеры не будут иметь прежней власти над Шотландией.
Молодой король оказался в отчаянной ситуации. Уступив пресвитерам в начале лета 1650 года, он находился в Перте во власти «Комитета статей», который управлял Шотландией, когда не заседал парламент. Карл ненавидел Шотландию и презирал пресвитеров, которые увещевали и поучали его; его раздражало их, по его мнению, притворство, и он скучал по простому благочестию Англиканской церкви. Узнав о поражении Лесли, он попытался бежать от своих угнетателей, но солдаты «Комитета статей» перехватили его и уговорили вернуться, обещая, что он получит больше власти. В первый день 1651 года Карла возвели на королевский престол Шотландии в Сконе. Это средневековое поселение было традиционным и священным местом коронации.
После победы при Данбаре Кромвель оставался в Эдинбурге почти год, пока Лесли укреплял остатки своей армии менее чем в 64 километрах северо-западнее, в Стерлинге. Однако никакой возможности двум армиям сойтись в окрестностях не было: характер местности и суровая зимняя погода делали любую кампанию маловероятной. В любом случае в феврале 1651 года Кромвель опасно заболел. Он страдал от «болотной лихорадки». Вероятно, он подхватил болезнь в Ирландии и усугубил кампанией в Шотландии. Через день после Данбара он говорил жене: «Я старею и чувствую, как возрастные немощи постепенно овладевают мной». Три раза Кромвель находился на грани смерти, и парламент в тревоге отправил к его постели двух врачей. Сам он был убежден, что Господь наслал на него болезнь, чтобы испытать крепость его веры.