Из воспоминаний И. Д. Папанина: «Пришли к нам два новых работника. Я сразу же проникнулся к ним симпатией: моряки, энергичные, красивые, толковые ребята. В работе они не знали ни сна, ни отдыха». Но вот незадача: поймали их на воровстве: золотишко, брильянты, красивая жизнь, пьянки, девочки… Ну, девочки, еще понять можно. Но воровство у партии ее золота – это уже серьезно. Поэтому молодых и способных матросов-чекистов к расстрелу. «У меня подкосились ноги, – вспоминал позднее И. Д. Папанин, – когда я услышал приговор: расстрел. Ребята молодые – ну, ошиблись, исправятся, они же столько еще могут сделать! Дать им срок, выйдут поумневшими!»
Историк военно-морского флота А. М. Елизаров пишет о чекистской деятельности И. Д. Папанина так: «Непосредственно руководил расстрелами Особый отдел оставшейся в Крыму 4-й армии. В эту армию влилась партизанская армия А. В. Мокроусова. Многие ее моряки пошли в чекисты. Партизаны с 11 ноября в период безвластия дали большой толчок набиравшей силу трагедии. Они поголовно расстреливали офицеров и всех «подозрительных» из почти не оказывавших им сопротивление встречавшихся белых частей, которым они «приказывали сдаваться». Об этих расстрелах, чуть ли не как о славной боевой деятельности, вспоминал участник папанинского десанта Г. Кулиш. Матросы близко были связаны с главными организаторами террора в Крыму Бела Куном и Р. С. Землячкой. Под непосредственным руководством Р. С. Землячки работал И. Д. Папанин. Как он писал, она для него являлась ангелом-хранителем.
Ни ее, ни уполномоченного ЧК по Крыму Реденса, ни, разумеется, себя И. Д. Папанин не называет в числе причастных к массовым расстрелам и бесчинствам, что, конечно, вызывает сомнения. Но то, что в репрессиях, как следует из его мемуаров, виноваты в основном следователи и рядовые местные сотрудники и что вообще террор шёл снизу, можно признать в основном правильным. Обесцениванию человеческих жизней в Крыму в глазах низов в тот период сильно способствовало то, что после разгрома П. Н. Врангеля вновь «бандитами» были объявлены махновцы. Те из них, кто не успел выскользнуть из Крыма, также расстреливались. Факт расстрела не только социально чуждых «правых» врангелевских офицеров, но и «социально близких» «левых» махновцев, недавних боевых соратников, говорил не об объективности выносимых приговоров, а об обесценивании человеческой жизни вообще. Кроме того, перспективы совместной жизни как пробольшевистской, так и промахновской части населения в Крыму. Руководители Бела Кун и Н. И. Махно, например, симпатизировали друг другу, в том числе и матросам, оставляли базу для компромисса между ними только на почве усиления вражды к общему врагу – «буржуям». Особенно в этом плане сложная обстановка сложилась в Севастополе. Там, по разным данным, было казнено наибольшее количество людей – 12–20 тысяч. Туда (наряду с Евпаторией) вошли махновцы вместе с анархиствующими матросами. Они немедленно начали грабежи и насилия, а после объявления их «бандитами», очевидно, немалая часть их растворилась во флотской среде. Все это отразилось на том, что с окончанием Гражданской войны острота социальных конфликтов получила новую подпитку и проявилась как в новом витке махновского движения, так и в обострении социальной обстановки в главных базах флота, на Балтике».
Участие в массовых казнях не прошло для И. Д. Папанина даром. С расшатанной психоневрологической системой он вначале попал в психиатрическую клинику, а затем в конце 1921 года был по «состоянию здоровья» уволен из органов ВЧК. В своих воспоминаниях на склоне лет И. Д. Папанин написал о своей деятельности в ЧК кратко: «Служба комендантом Крымской ЧК оставила след в моей душе на долгие годы». За активную работу в должности коменданта Крымской ЧК И. Д. Папанин был награжден своим первым орденом – Красного Знамени. После выхода из психиатрической клиники Папанин сменил много мест работы, но при этом «фактически связи с ЧК не прерывал». Любопытно, что именно И. Д. Папанин стал прообразом матроса Шванди в пьесе драматурга К. Тренева «Любовь Яровая».
Отметился в ВЧК и будущий классик революционной матросской темы в литературе В. В. Вишневский. В 1919 году из-за ранения назначен помощником начальника Особого отдела ЧК. В. В. Вишневский даже раскрыл нескольких белых агентов, один из которых… маскировался под матроса. Некоторая автобиографичность прослеживается в образе чекиста-матроса Шибаева в пьесе В. В. Вишневского «Незабываемый 1919-й…».