При получении известий о поражении и отступлении армии Колчака от Перми батальон быстро разложился. Был составлен заговор о переходе к большевикам. Во главе заговора стали, разумеется, военные матросы-телеграфисты. 16 ноября 1919 года, находясь в казармах на Черной речке в районе станции Океанской, батальон морских стрелков вышел из повиновения. Мятежники обезоружили офицеров, захватили арсенал и примкнули к белочехам. Но восстание потерпело неудачу. В ходе боев батальон понес потери, затем часть морских стрелков была расстреляна японцами. Оставшиеся в живых большей частью разбежались. Ситуация была настолько позорная, что командование решило мусора из избы не выносить, тем более что Колчаку было уже не до какого-то охранного батальона. Кое-как собрав из оставшихся морских стрелков роту, командующий Сибирской флотилией контр-адмирал М. И. Федорович 24 ноября 1919 года известил Омск: «Докладываю, что переход морских стрелков на сторону мятежников явился провокацией кучки злоумышленников, сумевших заставить стрелков поверить, что их не требует новое правительство… Как часть, рота на стороне мятежников не выступала… Выступило несколько стрелков и переодетых в их форму». На следующий день, 25 ноября, контр-адмирал М. И. Федорович доложил: «Для окончательной ликвидации возмущения батальона морских стрелков полагаю желательным батальон расформировать, сформировав отдельные маршевые роты, которые посылать на пополнение бригады, действовавшей на фронте. Для Дальнего Востока батальон необходим, в случае принципиального согласия прошу распоряжения прислать небольшой кадр из бывших на фронте раненых и поправляющихся стрелков и офицеров, желательна присылка достойного командира батальона, следствие производится».
8 октября1918 года командующий Сибирской флотилией рапортовал председателю Совета министров Сибирского правительства следующее: «Сейчас же после переворота 29-го июня с/г (создание в связи с мятежом белочехов Временного правительства автономной Сибири
Однако уже в декабре 1918 года командующий Сибирской флотилией просит у председателя Совета министров колчаковского правительства учредить во Владивостоке новую морскую роту для береговых надобностей из разбирающихся в морском деле матросов. Его поддержал помощник Верховного уполномоченного Российского правительства на Дальнем Востоке по морской части контр-адмирал С. Н. Тимирев, представляя морскому министру на утверждение при рапорте от 27 декабря 1918 года табели комплектования судов и учреждений Морского ведомства на Дальнем Востоке, предложил создать «Морскую роту для береговых потребностей» из 10 офицеров и 115 нижних чинов. Однако морской министр Колчака М. И. Смирнов наложил 19 января 1919 года отрицательную резолюцию, сославшись на то, что в Морских силах Дальнего Востока уже есть учебная команда. Собирать воедино матросов многоопытный М. И. Смирнов отказался вполне логично, так как это было весьма чревато…