Из книги И. Е. Амурского «Матрос Железняков»: «К середине января 1918 года в Измаиле скопилось несколько тысяч революционных матросов и солдат, много военного имущества 6-й армии. Единственный путь к морю – вниз по реке – был под угрозой. Захватчики уже подбирались к порту Килия – ниже Измаила. Прибыв в Измаил, Железняков немедленно приступил к организации спасения людей и ценного военного имущества, принадлежащего Советской России. Последние баржи в сопровождении канонерских лодок «Кубанец» и «Терец» покинули Измаил, когда враги уже ворвались в город со стороны Белграда и Рени. Ниже по реке, между Измаилом и Килией, путь был прегражден румынскими мониторами. На острове, разделявшем реку на два русла, укрепилось свыше тысячи вражеских пехотинцев. Орудия и пулеметы были наведены на русскую флотилию.
– Прорвемся, товарищи! – раздался громкий призыв Железнякова, стоявшего на носу «Кубанца».
Несмотря на то, что русская флотилия была слабее оснащена, она нанесла большой урон бело-румынскому отряду. Были выведены из строя несколько катеров и монитор «Катарджи».
В конце января 1918 года отгремела битва Дунайской советской флотилии против Румынской дунайской флотилии в устье Дуная. Румынам удалось не допустить Дунайскую флотилию к Измаилу. 26 января – 15 февраля 1918 года проходила героическая оборона Вилкова от румынских захватчиков. Из Одессы и Севастополя на Дунай были направлены несколько военных судов с десантом революционных матросов и красногвардейцев (одна тысяча штыков). С 30 января обороной Вилкова руководил легендарный матрос-анархист Железняк – Анатолий Железняков (командующий флотом, действующим против Румынии, председатель Революционного штаба Дунайской флотилии). Но малочисленные полуанархические отряды Железняка были не в силах бороться против регулярной армии. В середине февраля 1918 года, после отхода советских войск из Вилкова, сопротивление румынским войскам продолжилось двухдневной обороной местечка Татарбунары и села Кубея…»
В апреле 1918 года, во время наступления австро-германских и гайдамацких войск на Одессу командовал Бирзульским укрепленным районом и одновременно переданным в его подчинение бронепоездом матроса-анархиста А. В. Полупанова. После этого А. Г. Железняков участвовал в организации эвакуации красных формирований из Одессы, а затем и из Севастополя.
Между тем в Москве большевики начали разгон анархистских клубов. Далее последовала цепь левоэсеровских восстаний с участием анархистов, но и те и другие успеха не добились. После этого анархисты массово подались на юг России и на оккупированную Украину.
Вскоре в районе Елани начались ожесточенные бои с казаками Краснова, наступавшими на Царицын. В начале июля в распоряжение дивизии В. И. Киквидзе прибыл отряд матросов во главе с А. Г. Железняковым. В июле в штабе Донского фронта красных А. Г. Железняков занял должность завснаба. В штабе фронта анархисты доминировали. В это время Железняков полностью разделял точку зрения, что Совнарком как орган власти необходимо ликвидировать, но вполне признавал ВЦИК. Такой взгляд пропагандировался анархистами в матросской и солдатской среде. К этому времени Железняков полностью разочаровался в большевиках, чего не скрывал. Более того, он поклялся отомстить им за погромы в московских анархистских клубах.
В Елани А. Г. Железняков знакомится с убежденной анархисткой, дочерью офицера, киевлянкой Еленой Виндой, ставшей вскоре его второй женой. Вскоре В. И. Киквидзе назначает своего друга командиром 1-го Еланского стрелкового полка. Комиссаром полка становится одесский эсер-максималист (по совместительству и поэт-футурист) Б. Черкунов. В те дни анархист А. Г. Железняков открыто солидаризовался с левыми эсерами, восторженно приветствовал их мятеж против большевистской власти в Москве и публично призывал разогнать ленинский Совнарком… Разумеется, что такое поведение не могло остаться безнаказанным.