Вскоре прибывшая из Москвы инспекция констатировала, что в дивизии В. И. Киквидзе большевизмом и не пахнет, а на всех командных должностях находятся исключительно эсеры и анархисты, занимающиеся антибольшевистской пропагандой. Относительно А. Г. Железнякова, совмещавшего должность комполка с должностью помначштаба войск Донской Советской Республики, инспекция констатировала: «Другое столкновение произошло по поводу 1-го Еланского советского полка, командиром которого был назначен тов. Чикванаем (начальник штаба войск Донской Республики, левый коммунист) тов. Железняков (анархист). Приступивши к исполнению обязанностей, тов. Железняков увидел, что полк поставлен в затруднительное положение в материальном отношении… Руководствуясь этим, тов. Железняков послал с ведома тов. Чикваная тов. Подвойскому телеграмму: «От имени солдат Революционной армии объявляю, что вы отвечаете за лишения солдат и за смерть каждого из них, и требую немедленной высылки всего необходимого». Ответом со стороны тов. Подвойского был приезд тов. Александри с приказом об аресте тов. Железнякова и сдаче им всего оружия… Исполнение приказа об аресте было поручено тов. Киквидзе (л.с.р.), от чего последний отказался, и приказ не был выполнен. Лично от себя тов. Чикваная ничего не предпринимал, и вместе с тем началась в полку антисоветская пропаганда, вследствие чего полк разбежался. Носились слухи, что Железняков на митинге солдат заявил, что тов. Подвойский желает прихода Краснова, для чего отзывает Еланский полк и оголяет фронт, что это сухомлиновщина и т. д. Ясно определилось, что «Донской штаб» является авантюрой и рассадником контрреволюционного настроения…»
Явившихся за Железняковым конвойных разогнала рота матросов. Когда для ареста Железнякова был послан вооруженный взвод, Киквидзе выставил на защиту друга батальон. Киквидзе же убедил Железнякова податься «в бега», что тот и сделал. Решением Н. И. Подвойского Железняков был объявлен вне закона, что было равносильно вынесению смертного приговора. Но Железняков привык, что последнее слово остается за ним.
Утром 1 сентября Н. И. Подвойский и член Высшей военной инспекции Г. Д. Базилевич выехали поездом для наведения порядка в дивизию В. И. Киквидзе на станцию Елань. В восьми километрах, не доезжая Елани, под составом прогремел взрыв. Состав полетел на полном ходу под откос. Н. И. Подвойский получил серьезную контузию и перелом ноги, многочисленные ушибы, Г. Д. Базилевич – сильное сотрясение мозга и перелом ключицы. Разумеется, что ни о каком наведении порядка в дивизии речи уже не шло. Организатором и исполнителем теракта, скорее всего, был именно А. Г. Железняков. Именно такого мнения придерживался и сам Н. И. Подвойский.
Осенью 1918 года А. Г. Железняков (как «механик Викторс») вместе с Е. Н. Виндой объявился в Одессе, захваченной интервентами, но вовсе не для ведения большевистской подпольной работы, как писали в советское время. Дело в том, что в 1918 году в Одессе наиболее сильным было не большевистское, а анархистское подполье, которое с предателями-большевиками не контактировало. Что касается Железнякова, то он, разумеется, ушел именно в анархистское подполье. При этом А. Г. Железняков работал в тесном контакте с боевой дружиной примыкавшего к левым эсерам Г. И. Котовского, поддерживал товарищеские контакты с главой одесских уголовников Мишкой Япончиком.
Из воспоминаний левой эсерки Н. Улановской: «…появился он (Железняков
Известный анархист В. М. Волин, встречавшийся с А. Г. Железняковым в «подпольный одесский период», вспоминал, что тот однозначно относил себя к идейным анархистам-коммунистам, резко отрицательно относился к советской государственности и однопартийной диктатуре, а также к национализации промышленности, большевистской политике по крестьянскому и рабочему вопросам. При этом, как большинство анархистов, считал, что перед лицом контрреволюция и угрозой реставрации необходим единый революционный фронт.