В опытном производстве было построено четыре самолета. Один — экспериментальный, один — для статических испытаний и два — летных. Весной 1963 г. первый летный Як-36 (бортовой номер 37) был доставлен на аэродром ЛИИ в Жуковском и после всех необходимых регулировок, проверок и т. п. начались вертикальные «полеты» на привязи. Ведущим летчиком-испытателем назначили Ю.А.Гарнаева, а его дублером летчика ОКБ В.Г.Мухина. Ведущим конструктором был О.А.Сидоров, ведущим инженером — В.Н.Павлов, механиком — Д.А.Колотурский. Гарнаев выполнил несколько висений (до 0.5 м) на привязи над бетонной ямой, закрытой стальной решеткой. Яма служила для отвода горячих газов, бушевавших под фюзеляжем. 23 июня 1963 г. этот режим повторил В.Г.Мухин, 24 и 30 июня он выполнил еще два подлета (высота висения 0.7 м). В дальнейшем почти все испытания проводил именно Мухин, поскольку Гарнаев был занят демонстрационными полетами на вертолетах за рубежом.
Через год, 27 июля 1964 г… Мухин на втором летном экземпляре (бортовой номер 38) совершил полет по-самолетному профилю. После каждого полета специалисты ОКБ К.Б.Бекирбаев, С.Г.Мордовии, В.Н.Павлов совместно с аэродинамиками ЛИИ А.И.Квашниным и Г.М.Лапшиным скрупулезно анализировали записи бортовой контрольно-записывающей аппаратуры (КЗА) и только после этого принималось решение о следующем этапе испытаний.
27 сентября 1964 г. Мухин на Як-36 № 38 совершил первое свободное висение, и после продолжительной отработки этого режима 7 февраля 1966 г. был осуществлен вертикальный взлет, переходный режим, полет по кругу и посадка по-самолетному. 24 марта того же года В.Г.Мухин наконец-то выполнил на пер вом Як-36 «полный профиль» — вертикальный взлет, полет по кругу и вертикальная посадка. Почти три года шли к этому успеху конструктора, двигателисты. летчики-испытатели, специалисты ЛИИ и ЦАГИ.
Первые демонстрационные полеты двух самолетов с вертикальным взлетом и посадкой были проведены для руководителей советского правительства в середине октября 1966 г. в Кубинке. Для этого показа Гарнаев и Мухин перегнали в Кубинку оба летных экземпляра Як-36: один для наземного показа, второй — для полетов. Демонстрировал самолет в воздухе Мухин. Его полет завершал летную часть показа. В точно определенное время самолет вырулил прямо к трибуне и вертикально поднялся в воздух. Затем он развернулся на 90°, разогнался, пролетел по кругу, выполнив бочку на малой высоте и, зависнув перед трибуной, произвел вертикальную посадку.
9 июля 1967 г на воздушном параде в Домодедово кроме серийных машин были показаны экспериментальные и опытные образцы авиационной техники. Среди них были самолеты с укороченным взлетом и посадкой — «23–01» ОКБ А.И.Микояна Т-58ВД ОКБ П.О.Сухого и СВВП Як-36 ОКБ А.С.Яковлева. Демонстрация «вертикалки» вызвала достаточно серьезный интерес командования ВВС и ВМФ. который, несомненно, подогревался и тем. что за рубежом в это время шло повальное увлечение СВВП. В США появились такие самолеты, которые сейчас кроме улыбки ничего не вызывают. Фирма Dassault во Франции построила GBBn Balzak и Mirage 111V, e ФРГ появились VJ-101C–X1, VAK-191B и Do-31E-3. Наибольших достижений добилась Великобритания. Успех английской конструкции, самолета Р.1127 (позже он получил наименование «Harrier»), обеспечил единый подъемно-маршевый двигатель. С течением времени все СВВП за исключением «Harrier» канули в Лету, но это было позже, а в середине 1960-х годов вертикальный взлет сулил авиации новые тактические возможности.
После успешного выступления в Домодедово А.С.Яковлев вышел в правительство с предложением о постройке малой серии (10–12 машин) Як-36 для отработки корабельного базирования СВВП. Однако 27 декабря 1967 г. вышло постановление ЦК КПСС и СМ СССР о создании нового легкого боевого самолета. Этим же постановлением предусматривалось создание учебно-боевого варианта и, в перспективе, истребителя. И только 25 января 1969 г. Главкомы ВВС и ВМФ утвердили тактико-технические требования (ТТТ) к СВВП морского и сухопутного базирования.
Согласно ТТТ самолет разрабатывался как легкий штурмовик вертикального взлета и посадки. Предназначался он для уничтожения самолетов радиолокационного обнаружения, транспортных самолетов и противолодочных вертолетов, а также надводных кораблей противника и береговых обьектов при базировании на авианесущих кораблях. Со специальных полевых или передвижных площадок (вертикальный взлет и посадка с трейлера) самолет мог использоваться для авиационной поддержки сухопутных войск в непосредственной близости от линии фронта (30…50 км).