Резко враждебное отношение США к большинству решений правительства Ф. Кастро, последовавшие за этим экономические санкции Вашингтона, отказ покупать кубинский сахар и поставлять на остров нефть, неоднократные требования отменить или пересмотреть те или иные постановления, касающиеся национализации имущества американских компаний на Кубе (1959-1960), с одной стороны, крайне обострили отношения Кубы и США, а с другой — способствовали ее сближению с Советским Союзом. Этот сложнейший период привел в итоге к радикализации мировоззрения руководителей новой Кубы. Известно, что кубинские коммунисты в 1953 г. не поддержали молодых революционеров, назвав штурм Монкады мелкобуржуазным путчем. В дальнейшем, начиная с высадки десанта «Гранмы», позиции «Движения 26 июля» и Народно-социалистической (коммунистической) партии (НСП) постепенно сближались, хотя были и известные трудности, связанные с антикоммунистическими настроениями в правом крыле «Движения» и с недоверием к Ф. Кастро со стороны некоторых влиятельных руководящих деятелей НСП. Тем не менее сама логика борьбы, а в дальнейшем и жесточайшее экономическое и политическое давление со стороны США способствовали ускоренному переходу революции от народно-демократической к социалистической. Эта трансформация имела место во второй половине 1960 — весной 1961 г. Выдающуюся роль в победе Кубинской революции, а в последующие годы и в создании новой политической системы на Кубе сыграл аргентинец по происхождению Эрнесто Че Гевара (1928-1967).
В конце 1960 г., когда экономическая агрессия США против Кубы достигла апогея, остров Свободы и СССР подписали соглашение, практически разрешавшее все вопросы, связанные с реализацией сахара и получением нефти и нефтепродуктов. Советско-кубинские отношения вступили в качественно новую фазу и на целых три десятилетия стали для Кубы гарантом ее безопасности. Такой поворот событий в разгар холодной войны явно не устраивал Вашингтон. Теперь главный тезис правящих кругов США, использовавшийся ранее при подавлении других революционных движений, о внеконтинентальном влиянии и о коммунистической угрозе приобрел реальные очертания. Д. Эйзенхауэр, говоря о кубинском феномене, отмечал в мемуарах: «Уже в начале 1960 г. у администрации не было сомнения в необходимости что-то предпринимать. Вопрос состоял только в том, что, когда и при каких обстоятельствах». 17 марта 1960 г. он отдал приказ ЦРУ о подготовке в Гватемале воинской бригады из кубинских эмигрантов, а в конце 1960 г. при всесторонней поддержке США началось создание так называемого фронта борьбы против Кастро.
От идеи партизанской войны пришлось отказаться. В кабинетах ЦРУ и Пентагона вместо нее родилась операция «Плутон». Она предполагала высадку наемников на Плая-Хирон, захват части кубинской территории и создание там марионеточного правительства, которое незамедлительно будет признано США с оказанием ему всесторонней помощи для свержения революционного правительства. Интервенция 1500 наемников, начавшаяся 17 апреля 1961 г., закончилась их полным разгромом в течение 72 часов.
После провала интервенции США еще более ужесточили экономическую блокаду острова. 3 февраля 1962 г. президент Дж. Кеннеди заявил о полном тотальном эмбарго на торговлю с Кубой. Белый дом потребовал от всех своих союзников и зависимых от американского капитала стран прекратить поставлять на Кубу даже продукты питания и медикаменты. Любое торговое судно, оказавшееся в одном из кубинских портов, заносилось американскими властями в «черный» список и ему запрещалось входить в территориальные воды США.
Все эти акции должна была увенчать операция «Мангуста», которая с ноября 1961 г. разрабатывалась генералом Дендсдейлом и в начале 1962 г. была одобрена Дж. Кеннеди. Кроме президента о ней знали всего 12 человек. Она предусматривала свержение кубинского правительства в четыре этапа — с марта по октябрь 1962 г. На заключительном этапе ЦРУ предполагало инспирировать на острове народное восстание, за которым последовала бы военная оккупация Кубы и формирование угодного Вашингтону правительства.
С начала августа на Кубу стали прибывать советские войска. Их численность в октябре уже составила 42 тыс. человек. 15 сентября на острове появились первые ракеты, а 4 октября — боеголовки к ним. Всего потребовалось осуществить 185 рейсов для переброски 60 ракет и другой военной техники. В боевую готовность были приведены и кубинские вооруженные силы (270 тыс. человек). Ситуация вокруг Кубы резко обострилась после размещения там ракет, что в условиях холодной войны чрезвычайно осложнило отношения между СССР и США.