В 1996 году Лужков реорганизовал Архитектурный совет – городское ведомство советского периода, несколько раз менявшее официальное название [Совет 1996]. Совет был наделен (и до сих пор располагает) правом голоса при обсуждении вопросов, связанных с архитектурным наследием. В том же году УГК ОИП и Архитектурный совет были дополнены консультативным органом – Общественным советом при Мэре Москвы по проблемам формирования градостроительного и архитектурно-художественного облика города [Об утверждении 2001], что позволило обеспечить хотя бы видимость профессиональной дискуссии в процессе принятия решений по сохранению памятников. Однако ни одно из этих трех ведомств де-факто не имело полномочий отменять решения Лужкова.
Вскоре после провозглашения Российской Федерацией независимости московское правительство создало убедительную правовую базу для защиты памятников и исторических зданий и к середине 1990-х годов разработало подробную и солидную на первый взгляд систему управления наследием, и это поначалу производит довольно сильное впечатление. Возникает ощущение, будто сохранение культурного наследия являлась для мэрии важнейшей задачей. Но на фоне обвала экономики идеалы тускнели, а отчаяние возрастало. Многих из тех, кто процветал в новой социал-дарвинистской среде, отличали черствость и лицемерие. Законодательство, в том числе в сфере охраны культурного наследия, применялось избирательно. Если Ленин рассматривал закон как оружие в классовой борьбе, в 1990-е годы законодательные и судебные органы вместе с охранными агентствами объединились в «группировки», возглавляемые лидерами вроде Лужкова. Законы стали оружием в борьбе с политическими соперниками и средством получения «внебюджетных» доходов от частного сектора.
Для чиновников из команды Лужкова новый закон был новым источником дохода, однако сам мэр руководствовался не только алчностью, но также (а возможно, в первую очередь) своими амбициями, в частности желанием оставить долговечное наследие в московском ландшафте. Вероятно, именно на этом чувстве играл Комеч, когда убеждал Лужкова отменять «одиозные проекты». Комеч говорил, что «Юрий Михайлович как хозяин ощущает некую ответственность», в то время как остальная его команда просто жаждет денег [Беззаконие 2004]. Но Комеч также вполне мог сказать, что закон для мэра отнюдь не священен. Однажды, пытаясь отговорить Лужкова от строительства стоянки, угрожавшей Манежу – выдающемуся историческому сооружению, Комеч указал, что данный проект противоречит закону. Ответ мэра он цитирует следующим образом: «Ну… закон… При чем тут закон? Закон это не догма, это повод пофилософствовать» [Беззаконие 2004].
Несмотря на два главных исключения – Патриаршие пруды и Лефортово, на протяжении 1990-х годов в конфликтах из-за культурного наследия последнее слово чаще всего оставалось за Лужковым. К. П. Михайлов вспоминает случай с домом XVIII века на Кадашёвской набережной, 12, к югу от Кремля. Здание находилось под федеральной охраной как исторический памятник, но в 1994 году Лужков подписал приказ о его сносе в рамках реконструкции Замоскворечья. ВООПИиК обратилось к генеральному прокурору РФ, который, в свою очередь, поручил главному прокурору Москвы провести расследование. Последний напомнил мэру, что виновные в уничтожении памятников, охраняемых государством, подлежат лишению свободы на срок до двух лет. Конечно, ничего подобного с Лужковым не случилось. В итоге прокурор просто велел «устранить допущенные нарушения».
Поскольку «нарушение», собственно, состояло в полном уничтожении здания, устранить его вряд ли представлялось возможным. Когда же были снесены два соседних исторических здания, никаких наказаний и санкций не последовало [Михайлов 2006:11-12].
Финансовый кризис 1998 года приостановил строительный бум в Москве, но в то же время подчеркнул стабильность и благосостояние столицы по сравнению с остальной страной. Авторитет Ельцина падал, состояние его здоровья ухудшалось. Лужков же производил впечатление человека, которому все удается: пожилые избиратели видели в нем «крепкого хозяйственника», молодые – настоящего менеджера. Лужков воспользовался этой возможностью, организовав собственную политическую партию и заключив союз с популярным в народе бывшим премьером Е. М. Примаковым. Мэр был близок к тому, чтобы занять Кремль, когда в 1999 году Ельцин удивил практически всех, назначив премьер-министром малоизвестного В. В. Путина. Оказавшись в центре внимания, Путин вскоре сумел создать привлекательный образ здравомыслящего, патриотичного и решительного человека. После того как избирательный блок Лужкова потерпел неудачу на парламентских выборах 1999 года, столичный мэр примкнул к сторонникам премьер-министра и поддержал президентскую кампанию Путина. Учитывая, что российская политика существует по принципу «победитель получает всё», Лужков поступил правильно, поскольку продержался в Москве еще 10 лет.