Переход молодого Купера в военно-морской флот США совпал с годами, когда на морях не происходило никаких знаменательных событий. Если бы это случилось несколькими годами раньше, то он смог бы принять участие в боевых действиях американского флота в Средиземном море, когда были разбиты корсары Барбари. А если бы он поступил во флот на год позже, то нашел бы обширное поле деятельности для своей неугомонной души, так как в то время военно-морской флот США играл важную роль во второй войне с Англией.
У Джеймса Купера имелись все необходимые качества, делавшие его хорошим морским офицером: он был самоуверен и инициативен, обладал бесстрашием, мужеством и был патриотом. Но ко времени его поступления во флот пацифистская политика президента Томаса Джефферсона, как говорили военные моряки, достигла своего апогея. Из всего состава флота только двенадцать кораблей находилось в плавании. На них служило немного боевых офицеров и почти совсем не было молодых гардемаринов, только что поступивших во флот. Для молодых людей, жаждавших настоящей морской службы, мечтавших о дальних плаваниях, приключениях и боевых подвигах, такой период в жизни флота не мог быть приятен. Но так или иначе хлопоты старого Вильяма Купера увенчались успехом, и 1 января 1808 года Морской департамент присвоил его сыну первое звание, о чем сам он получил уведомление в письме от секретаря Морского департамента:
В силу некоторых причин это письмо дошло до Купера только 19 февраля. 20 он оформил принятие присяги в нотариальной конторе и бланк с ее текстом вернул Морскому департаменту. В те времена поступающий на военную службу мог, таким образом, оформить принятие военной присяги в любом месте своего пребывания. В архиве Морского министерства США хранится бланк присяги, подписанный Джеймсом Купером. Он гласит:
24 февраля Куперу было приказано явиться к командующему флотом в Нью-Йорке, который назначил его на небольшой парусный корабль «Везувий», стоявший в порту в ожидании ремонта. На этом неисправном корабле он прослужил несколько месяцев. Это были скучные месяцы без определенного дела. 4 июля того же года он получил новое назначение и должен был отправиться под командованием лейтенанта Вульзи на Большие озера.
Отношения с Англией не сулили в ближайшем будущем ничего хорошего, и правительство Соединенных Штатов принимало срочные меры к усилению своих вооруженных сил. Англия уже имела военные корабли на Великих озерах, внутренних морях американского континента, и президент США отдал приказ о срочном строительстве военных кораблей на озерах Онтарио, Эри и Шамплейн. За исключением одного настоящего военного корабля, остальные должны были быть канонерскими лодками.
Лейтенант Вульзи, под командование которого попал Купер, должен был заключить договор на постройку кораблей и следить за его выполнением. Местом пребывания его наблюдательной группы стал городок Освего.