Руководимые им разведчики не только полно и своевременно информировали Центр об основных проблемах внешней и внутренней политики Китая, деятельности в стране представителей основных стран Запада и Японии, но и за полтора месяца до нападения Германии на СССР получили и направили в Москву оперативный план германского Верховного командования о главные направлениях продвижения немецких войск в войне против СССР, полученный агентурным путем у германского военного атташе. Главная задача резидентур внешней разведки на Дальнем Востоке в конце 1930‑х – начале 1940‑х годов – не просмотреть возможности нападения Японии на Советский Союз – не снималась с повестки дня до середины 1943 года. Руководимые А. С. Панюшкиным резидентуры успешно справились с этой задачей. За работу в Китае А. С. Панюшкин был награжден орденом Ленина».
К этому следует добавить, что в период работы Панюшкина в Китае за достигнутые результаты в разведывательной деятельности государственных наград СССР были удостоены практически все сотрудники чунцинской резидентуры.
По командировке в Китай Панюшкин характеризовался руководством разведки как самоотверженный, целеустремленный и деятельный работник, тонкий дипломат, хороший организатор и умелый руководитель, чуткий и внимательный товарищ.
А один из ветеранов разведки, работавший в самом начале своей оперативной деятельности под руководством Александра Семеновича в чунцинской резидентуре, позже вспоминал:
«Он был энергичным, обаятельным человеком, требовательным к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимание к людям, особенно к молодым сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии в Чунцине».
Возвратившись в Москву в сентябре 1944 года, А. С. Панюшкин был переведен на работу в аппарат ЦК ВКП(б). Он занял должность 1‑го заместителя заведующего отделом международной информации ЦК партии и проработал на ней до мая 1947 года.
В мае 1947 года А. С. Панюшкин вновь возвратился на работу во внешнюю разведку и был назначен главным секретарем Комитета информации при Совете министров СССР, как тогда она называлась.
В октябре 1947 года А. С. Панюшкин направляется Чрезвычайным и Полномочным Послом СССР в США и одновременно становится главным резидентом советской внешней разведки в этой стране. В 1948–1953 годах являлся также представителем СССР в Дальневосточной комиссии.
Предоставим вновь слово историку Анатолию Горину:
«Выбор кандидатуры А. С. Панюшкина не был случайным. В связи с предательством источника советской внешней разведки в США Элизабет Бентли и бегством в Канаде шифровальщика ГРУ Игоря Гузенко в Соединенных Штатах разворачивалась антисоветская кампания. Было необходимо не только принять меры по нейтрализации ущерба, нанесенного разведывательной деятельности в этой стране, но и не допустить разрыва дипломатических отношений между двумя странами, к чему призывали ультраправые элементы в США».
Резидент Панюшкин в этих сложных условиях предпринял энергичные меры к тому, чтобы свести к минимуму потери разведки, обеспечивая в то же время Центр необходимой разведывательной информацией. В этот же период он руководил операцией по получению документации на разработку атомной бомбы и её усовершенствованию.
В июле 1952 года Панюшкин возвратился в Москву и сразу же получил новое назначение на должность Посла СССР в Китайской Народной Республике. На этот раз он не совмещал дипломатическую должность с разведывательной работой. В Китае Панюшкин находился до мая 1953 года.
После ареста Берии в июне 1953 года Александр Семенович был назначен на должность начальника Второго главного управления (ВГУ) МВД СССР, как тогда называлась внешняя разведка.
Руководя внешней разведкой, Панюшкин обращал особое внимание подчиненных на аккуратность и добросовестность в работе над информационными документами. Лаконизм, четкость формулировок, максимальная достоверность фактов, ясность и краткость выводов – вот что ценил в документах Панюшкин. Ему нравилось, когда при подготовке документов тщательно взвешивались каждый вывод, каждая рекомендация, когда текст не нагромождался мелкими частностями, деталями, а главное внимание концентрировалось на ключевых проблемах, острых ситуациях.
Ветераны Службы отмечали, что стиль руководства Панюшкиным внешней разведкой оказывал самое благотворное влияние на организацию ее работы.
«Мне довелось работать вместе с А. С. Панюшкиным три года, – вспоминал позже А. М. Сахаровский, будущий многолетний руководитель советской внешней разведки. – Это был обаятельный человек, опытный руководитель, прошедший большую школу партийно-политической работы. Как политический работник он хорошо знал, какая информация нужна директивным органам. При Александре Семеновиче мы начали перестройку информационной работы, у нас укрепились хорошие деловые и товарищеские отношения в коллективе внешней разведки. Все это положительно влияло на повышение результативности в работе».