Последовала кампания 1800 г. Захватив инициативу, австрийцы с армией из 97.000 человек начали наступление в Италии, тесня имевших численное превосходство французов, и осадили их в Генуе, с величайшим мужеством обороняемой генералом Массена (Massena)[36]
вплоть до 4 июня. Несмотря на то, что его застали врасплох, Наполеон сделал эффектный ход: в тот момент, когда Моро (Moreau) пересёк Рейн и 3 мая разбил австрийцев у Штокаха, первый консул провёл вновь созданную Резервную армию через Альпы и вышел австрийцам в тыл, одержав 14 июня при Маренго победу с очень небольшим преимуществом. Хотя эта кампания была проведена по наполеоновским меркам очень неумело, австрийцам нанесли урон и заставили их таким образом очистить итальянскую землю, а Франц II откликнулся на очередной призыв к заключению мирного договора, направленный Наполеоном с поля сражения при Маренго. Последовали длительные переговоры о мире в Люневиле, однако австрийцы заняли твёрдую позицию и возобновили военные действия, после чего Моро вновь разбил их 3 декабря при Гогенлиндене. Деморализованная и понёсшая тяжёлые потери Вена запросила мира, результатом чего стал Люневильский договор, по которому Австрия вынуждена была согласиться с аннексией Францией Бельгии и левого берега Рейна, признать независимость её многочисленных государств-сателлитов и уступить находившиеся под властью Габсбургов Моденское и Тосканское герцогства с частью территории Венеции, захваченной австрийцами в 1797 г. (из этих территорий Модена и Венеция переходили к Цизальпинской республике, тогда как в качестве жеста, направленного на примирение с Испанией, Тоскана передавалась сыну герцога Пармского, зятю Карла IV, королю Этрурии).После полного унижения Австрии оставались ещё Оттоманская империя, Неаполь и Британия. Однако Турция, поглощённая внутренними беспорядками, больше не принимала участия в войне после ухода французов из Египта в августе 1801 г.[37]
Между тем нападение неаполитанцев на Тоскану было отбито при Сиене 14 января 1801 г., что вынудило Фердинанда IV спешно просить о мире. И в то же время даже британское пристрастие к военным действиям заметно угасло. Отсутствие союзников несколько изменяло планы, а её бессилие обнаружилось в неспособности помешать испанцам вынудить Португалию закрыть порты для британской торговли. Что касается морской мощи, то, хотя она всё ещё могла похвастать значительными победами — у французов была отбита Мальта, потерпели поражение испанцы и датчане, а французская армия в Египте близка к капитуляции — её уже не хватало, чтобы преградить путь французской экспансии и держать все больше и больше портов открытыми для британской торговли. Тем временем в Британии разразился экономический кризис, вызвав обширные народные волнения. К тому же в Ирландии, несмотря на разгром восстания 1798 г., не стихали беспорядки, а попытки примирения, предпринятые Питтом (Pitt), предоставление равных прав католикам привели лишь к замене его ещё более нерешительным Аддингтоном (Addington). Новый Кабинет, не испытавший поражений, но и не способный добиться окончательной победы, заявил в конце концов, что готов заключить соглашение.