В ходе «второй чеченской войны» в зоне боевых действий были проведены войсковые испытания всепогодного штурмовика Су-39. Их итоги пока не разглашаются, однако главным является то, что новый самолет впервые эксплуатировался не по методике летных испытаний, а как обычная серийная машина. Способность работать в условиях ограниченной видимости была по достоинству оценена строевыми летчиками, но было указано и на крупные недостатки, такие как недостаточная путевая устойчивость и сложность пилотирования, особенно с одновременным прицеливанием по данным ИК-станции «Ход» и ЛТПС «Шквал», которые выдают изображение не на индикатор на фоне лобового стекла или нашлемный, а на телемонитор на приборной доске.
С конца 2001 года Россия формально принимает участие в контртеррористической операции в Афганистане. А не формально она это дело начала гораздо раньше держав Запада, но атака на нью-йоркские небоскребы позволила действовать явно и более активно, в том числе разместить дополнительные силы авиации в Таджикистане, Туркмении, Узбекистане, и, наконец, в Киргизии, где до того российских авиабаз не было. На аэродроме Кант появились среди прочих и Су-25.
Сегодня Су-25 являются важным компонентом ВВС многих стран СНГ. Россия за счет вывода частей с территорий других республик к 1998 году увеличила свой парк штурмовиков в ВВС до 250 машин (в морской авиации число их чуть сократилось) при том, что 14 своих «грачей» вместе с другой техникой она передала Казахстану в обмен на стратегические Ту-95МС. К 2001 году за счет потерь и коммерческих дел в ВВС РФ количество Су-25 снизилось на 25 машин. На 2001 год парк Су-25 Беларуси составлял 97 машин, Украины — 65. Обзавелась собственными штурмовиками Туркмения — 46 самолетов. Два штурмовика как-то достал Азербайджан, Тбилисский авиазавод смог ввести в строй 7 Су-25 из числа оставшихся после распада СССР, а осенью 2006 года появилось сообщение, что Грузия вскоре купит еще 12 Су-25. Продавец пока инкогнито, но есть версия, что это Украина, причем поставки будут оплачивать Соединенные Штаты.
Грузия пыталась выйти на рынок с предложением модернизировать Су-25, заключив соглашение с израильской фирмой IAI, имеющей опыт подобных работ. В пакете доработок доминирует установка новой электроники и вооружения. В 2001 году был переоборудован один серийный самолет, названный Су-25МК «Скорпион», но на его появление отреагировала лишь Россия, обвинив Грузию и Израиль (входящие, кстати, во Всемирную Торговую Организацию и имеющие определенные обязательства по защите интеллектуальной собственности других стран) в нарушении авторских прав, ведь держателем документации на самолет является АОЗТ «Сухой».
В 1986 году по инициативе Министра авиапромышленности Силаева ОКБ Сухого, которое в то время возглавлял М.П.Симонов, было поручено спроектировать штурмовик нового поколения Ш-90. Проект имел интегральную компоновку (т. е. крыло и фюзеляж сопрягались плавно в единый агрегат, как на Су-27), рассматривались различные схемы — классические, двухфюзеляжные и даже «летающее крыло» и «несущий фюзеляж». Основное вооружение состояло из новой встроенной 30-мм авиапушки и 8 ПТУР «Вихрь», контейнеры которых выдвигались перед пуском из фюзеляжа, на внешней подвеске можно было разместить разнообразный арсенал дополнительного оружия. На втором этапе в проект включили более мощную пушку 2А42 (такую же, как на вертолетах Ми-28, Ка-50 и на БМП-2), а количество ПТУР удвоили за счет применения новой револьверной пусковой установки. Бортовая электроника позволяла решать широкий спектр задач вне зависимости от погоды и времени суток. Тема получила должную поддержку, что позволило подключить к работе ЦАГИ, НИИ АС и другие учреждения МАП. Однако в начале 90-х работа над проектом была прекращена, а когда в начале нового века пошли разговоры о том, что замена Су-25 все же когда-то понадобится, речь шла уже о принципиально иной машине. Проект ПАК-ФА («перспективный авиационный комплекс фронтовой авиации») мыслится как многоцелевой самолет, одинаково эффективный и в ударах по наземным целям всех типов, и в воздушном бою, и в тактической авиаразведке, и в штурмовых задачах тоже. Он задуман, очевидно, как ответ на американский Joint Strike Fighter. Но JSF уже прошел первый тур: два прототипа-конкурента были испытаны, и лучший передан в полномасштабную разработку. Су-25 же в том виде, в котором он сейчас имеется, вряд ли продержится в строю до появления серийного ПАК-ФА, ему нужна модернизация.