Однако вернемся к штурму, так успешно начавшемуся благодаря взятию сразу двух ворот. Защитники города были застигнуты врасплох, не сумев организовать серьезной обороны. Там и здесь вспыхивало очаговое сопротивление небольших групп казаков и стрельцов, но эти смельчаки не могли помешать вступлению в Новгород новых и новых шведских рот. Офицеры Делагарди не путались в переплетении городских улиц, ведя свои отряды в направлении второй линии обороны — Земляному городу и возвышавшемуся за ним кремлю. Накануне штурма русские сообщники передали Делагарди чертеж города, выполненный в 1584 году, — самый подробный из существовавших на тот период.
Немец Матвей Шаум, состоявший священником в армии Делагарди, так рассказывает о развитии событий после вступления передовых отрядов наемников в Новгород: «И хотя русские еще долго стреляли с башен, но конница беспрестанно более и более входила, наполняя улицы и ворота замка, так что ни один из казаков или стрельцов не мог показаться. Между тем немцы сбивали русских с валу и от одного зубца к другому, от одного места к другому, даже до белой площади у воды, где, во-первых, не обошлось без шума и без сильного сопротивления, ибо тут главнокомандующий русских, Бутурлин, на пространной площади раскинул шатер свой и расположился под открытым небом, как в поле, и теперь, как думают, сам убежал на упомянутую площадь, откуда русские, быв вытеснены силою, бросились в воду, иные в лодках, другие без лодок, и друг друга топили вместе с лодками. Мост, который ведет через реку к другому городу, тотчас занят был нашими, так что никто не мог через него перейти».
Еще можно было спасти положение, если бы воевода Бутурлин со своими казаками и стрельцами, приведенными в помощь Новгороду, решил продолжать сражение. Но его личными врагами были поляки, а не шведы. Он не собирался проливать кровь за новгородцев, которые своей неуступчивостью сорвали переговоры с Делагарди, оставив ополчение под Москвой без шведской помощи! Бутурлин, огрызаясь свинцом пищалей от наседающих шведов, успел перевести свое войско по мосту, еще не захваченному противником, на другую сторону Волхова. Там, на Торговой стороне, русское воинство приступило к куда более приятному сражению — с замками и засовами купеческих закромов, нагружая себя хранившимся там добром. «Бери, ребята, все ваше! Не оставлять же врагу эту добычу!» — поощряли друг друга мародеры.
«На Торговой же стране немцев не было, но русские ратные люди лавки ломали и грабили», — сухо информирует летопись о «подвиге» войска, присланного ополчением для защиты Новгорода. Ограбив Торговую сторону, Бутурлин увел свое войско в Ярославль, оставив Новгород на произвол судьбы.
Новгородские летописи донесли до нас имена отдельных героев, которые предпочли смерть пленению. Одним из них был протопоп собора Святой Софии Аммос. Накануне он повздорил из-за религиозных несогласий с митрополитом Исидором и был им наказан. Но в пылу битвы оба священника помирились, Исидор, стоявший на городской стене и распевавший молебны, успел благословить своего недавнего врага на подвиг. Аммос, отказываясь от предложений сдаться, бился на своем дворе до конца, вместе со слугами и товарищами. Нападавшие в конце концов подожгли крепость упрямого попа, Аммос и его крошечная армия погибли в огне.
Однако десятки героев оказались лишь щепками в море паники, не способными изменить ход сражения. Обезумевшие от ужаса горожане, покинутые войском, становились легкой добычей озверевших наемников. Софийская сторона на несколько часов превратилась в гигантскую живодерню, объятую пламенем подожженных домов.
Сотни людей погибли в церквях, где они искали спасения в молитвах перед животворными иконами. Надеясь на поживу, туда врывались солдаты и прокладывали себе палашами кровавые дороги к алтарям с церковным золотом и серебром. Разноязыкий сброд, собранный под знаменами Делагарди, быстро понял, как извлекать прибыль из пристрастия русских к их «деревянным богам» — так презрительно назывались иконы в шведских отчетах. Солдаты не тратили времени на поиски спрятанного горожанами добра. Над воротами каждого дома были прикреплены иконы, литые или писаные, с изображениями святых, покровительствовавших семье. Наемники срывали иконы и требовали за них выкупа: деньги у «идолопоклонников» тут же находились.
Новгородский наместник Иван Одоевский и митрополит Исидор скрывшиеся в кремле, к вечеру 16 июля выслали парламентера с предложением перемирия. Они сообщили, что готовы сдаться шведам, признать покровительство короля Карла IX и просить в цари одного из его сыновей по выбору — Густава Адольфа или его младшего брата Карла Филиппа. На следующий день соглашение было заключено и Якоб Делагарди, поклявшись на Евангелии в том, что города разорять не станет, во главе полка своей лейб-гвардии вступил в кремль.