В Филофее отец Аверкий начал готовить себя для жизни в пустыне. Изнурял себя не просто постами, а непрерывным постом. Ел овощи. Не просто овощи, а как он вспоминал: «…старался много дней подряд есть какой-то один вид овощей, например, одни помидоры, один латук, одну капусту, до тех пор, пока эта пища не надоедала, так что я ел ее без желания. Каждую ночь я совершал бдение. Спал немного. В храме не садился в стасидию, чтобы меня не поборол сон».
12 марта 1956 года отец Аверкий был пострижен в мантию и наречен Паисием в честь ревностного митрополита Кесарийского Паисия II, который – неслучайное совпадение – был родом из Карас.
После пострига отец Паисий написал матери стихотворение:И подписал: «Посвящается моей уважаемой матери». А вскоре, несмотря на свое желание уединенной жизни, старец был направлен в монастырь Стомион Коницкой епархии на его восстановление (монастырь сгорел). «Впоследствии оказалось, что я перешел в Стомион главным образом для того, чтобы помочь восьмидесяти совратившимся в протестанство семьям вернуться в Православие…».