После этих событий Мориц Оранский остановил марш на Дюнкерк и вернулся в северные провинции, а разделение Нидерландов на отдельные государства стало свершившимся фактом. Более того, Нидерланды создали свои военно-морские силы для защиты морской торговли, значительно выросшей после создания в 1602 году Ост-Индской компании. Решительное укрепление нидерландского флота стало сдерживающим фактором для военно-морских амбиций Испании.
В 1609 году было объявлено прекращение огня, после чего последовало 12 лет перемирия между Соединенными провинциями и контролируемым испанцами Югом при посредничестве Франции и Англии.
Во время перемирия в нидерландском лагере появились две фракции, совершенно различные в политическом и религиозном плане. На одной стороне оказались приверженцы богослова Якоба Арминия, чьи видные сторонники включали в себя Йохана ван Олденбарневелта и Гуго Гроция. Этих людей называли «арминиане», и они относились к протестантскому течению, допускавшему политику веротерпимости и компромисса с реакционными католическими кругами. Это были, как правило, зажиточные торговцы, и они считали, что Нидерланды должны быть республикой. Они оппонировали более радикальным «гомаристам» (сторонникам Франциска Гомара), которые отстаивали догматы ортодоксального кальвинизма и представляли собой в основном национальную промышленную и мелкую буржуазию, а также городские низы. В 1610 году «гомаристы» открыто провозгласили свою верность принцу Морицу Оранскому.
В 1617 году произошла эскалация конфликта, когда республиканцы (ремонстранты) провели «Резолюцию», позволяющую городам принять меры в отношении «гомаристов». Однако Йохан ван Олденбарневелт был обвинен принцем Морицем в государственной измене, арестован и 13 мая 1619 года казнен в Гааге. Гуго Гроций покинул страну после побега из заключения в замке Лёвенстейн.
Переговорам о мире мешали два нерешенных вопроса. Во-первых, испанскому требованию религиозной свободы для католиков в Северных Нидерландах противопоставлялось нидерландское требование свободы для протестантов на юге Нидерландов. Во-вторых, существовали несогласия относительно торговых путей в различных колониях (на Дальнем Востоке и в Северной и Южной Америке), которые не удавалось разрешить. Испанцы сделали последнее усилие для завоевания Севера, а нидерландцы использовали свои военно-морские силы, чтобы расширить колониальные торговые маршруты в ущерб Испании. Война возобновилась, став частью более масштабной Тридцатилетней войны – серии военных конфликтов, продолжавшихся с 1618 по 1648 год и затронувших в той или иной степени практически все европейские страны.
В 1622 году испанское нападение на важную крепость Берген-оп-Зом было отбито. Однако 23 апреля 1625 года в Гааге умер Мориц Оранский.
Испанцы под командованием генуэзского генерала Амброджо Спинола-Дория осаждали город Бреда, который был взят в июне 1625 года. После этой испанской победы Фредерик Генрих Оранский, сводный брат Морица (сын Виллема I Оранского от четвертого брака), принявший командование армией, в 1629 году захватил ключевой укрепленный город Хертогенбос. Этот город, крупнейший в северной части Брабанта, считался неприступным, и его потеря стала серьезным ударом по испанцам.
Фредерик Генрих Оранский стал статхаудером и оставался им до 1647 года. На время правления Фредерика Генриха в стране пришелся культурный и экономический подъем, который привел к так называемому золотому веку Республики Соединенных провинций. В 1632 году Фредерик Генрих захватил Венло и Маастрихт. Попытки нападения на Антверпен и Брюссель, однако, провалились из-за отсутствия поддержки фламандского населения. Это было связано как с грабежами в ходе военных операций, так и с обращением нового поколения жителей Фландрии и Брабанта в католицизм, что породило недоверие к кальвинистам даже большее, чем к испанским оккупантам.
Фредерик Генрих Оранский умер в Гааге 14 марта 1647 года.
30 января 1648 года война закончилась подписанием Мюнстерского мирного договора между Испанией и Нидерландами. 15 мая того же года в Мюнстере стороны обменялись ратифицированными копиями договора.
Для переговоров Республика Соединенных провинций направила в Мюнстер свою делегацию, которая состояла из восьми дипломатов и представляла все семь провинций (провинцию Голландия, которая в то время пополняла бюджет республики на 58 %, представляли два человека).
Прибыв в Мюнстер, делегация заняла резиденцию, арендованную для этих целей еще с июля 1644 года. Делегация делилась на два крыла: одно было антифранцузским и стремилось заключить сепаратный мир с Испанией, а другое было резко антииспанским и профранцузским.