В 1939 году Шоукросс стал королевским адвокатом. После начала Второй мировой войны он, сославшись на травму позвоночника, не пошел на фронт и был назначен председателем трибунала по делам иностранцев, ведущих враждебную деятельность. На этом посту Шоукросс должен был стать «британским Биддлом», но не стал – он всегда подчеркивал, что политика политикой, а закон – законом и трактовать его в зависимости от политической конъюнктуры очень большая ошибка. Затем он состоял заместителем комиссара Юго-Восточного района и комиссаром Северо-Западного района – это должности преимущественно административные. На выборах 5 июля 1945 года он был избран членом Палаты общин от Сент-Хеленса в Ланкашире (и оставался депутатом до мая 1958 года) и при дележе постов в правительстве 4 августа того же года получил должность генерального атторнея Его Величества Англии и Уэльса (примерно то же самое, что в других странах генеральный прокурор). В 1945 году Шоукросс стал рыцарем.
На процессе, однако, Шоукросс пришелся не к месту. Дело в том, что он считал, что приоритетом при рассмотрении дела должно стать международное право: «Горе побежденным. Пусть они расплачиваются за горечь поражения. Но не такова точка зрения британского правительства», – заявил он. Свою вступительную речь он зачитывал два дня – 26 и 27 июля 1946 года – и говорил о верховенстве закона. «Наступает момент, – заявил он, – когда человек должен отказаться отвечать перед своим лидером, если он также хочет отвечать перед своей совестью». Ему претил агрессивный стиль, который изначально избрали для себя его коллеги из американской, советской и французской делегаций. Но ситуация сложилась несколько по-другому, и, оказавшись не в своей тарелке, Шоукросс потерял интерес к процессу и фактически самоустранился (тем более, что в 1945–1948 годах он также являлся главным делегатом от Великобритании в ООН): на большинстве заседаний трибунала Великобританию представлял его заместитель Дэвид Максуэлл-Файф. Шоукросс появился в Нюрнберге только два раза – в т. ч. для того, чтобы зачитать обвинительное заключение. Это его выступление, по мнению очевидцев, стало одним из самых ярких на процессе.
По возвращении на родину после процесса Шоукросс стал главным организатором и обвинителем на процессах против британских коллаборационистов – «лорда Хау-Хау» (диктора немецкого радио Уильяма Джойса) и Джона Эмери (командира «Британского легиона» СС и сына британского министра колоний). Он обвинил их в государственной измене, притом что оба они к этому времени уже давно отказались от британского подданства и тем самым априори изменить своей «Великой Родине Англии» не могли, поскольку она по закону их родиной не являлась. Впрочем, поборника закона это совершенно не остановило – оба были приговорены к смертной казни. Шоукросс был прокурором на процессе физика-атомщика Клауса Фукса, который передал СССР ядерные секреты. Ему удалось заставить Фукса выдать властям своих «подельников» – супругов Розенберг, которые были позже казнены в США (Фукс получил 14 лет тюрьмы). Участвовал Шоукросс и в суде над одним из самых известных серийных убийц Великобритании – Джоном Джорджем Хейгом, причем ему удалось при минимальных уликах (практически при их отсутствии) добиться смертного приговора.
24 апреля 1951 года Шоукросс сделал свой последний шаг в политической карьере и совершенно неожиданно был назначен президентом Совета по торговле (т. е. министром торговли) Великобритании. Однако уже осенью 1951 года лейбористы выборы проиграли и Шоукросс вполне закономерно 26 октября свой пост потерял. Большинство в политических кругах, хорошо знавших прокурора, считали, что он ради своих амбиций немедленно перейдет в другой лагерь, к консерваторам, и даже получило широкое распространение его прозвище – сэр Шортли Флуркросс (
Через почти 12,5 лет после окончания процесса – 14 февраля 1959 года – бывший главный обвинитель на Нюрнбергском процессе удостоился титула пэра и стал 1-м бароном Шоукроссом из Фристона в графстве Сассекс (Baron Shawcross of Friston in the County of Sussex) и, таким образом, членом Палаты пэров. В 1961 году он был назначен председателем 2-й Королевской комиссии по прессе, а в 1967 году также стал одним из директоров