В начале ноября 1945 года, когда еще не определился окончательно порядок ведения процесса, число ходатайств защиты было сравнительно небольшое. Они сводились в основном к вызову свидетелей и истребованию документов.
Так, защитник подсудимого Франка адвокат Зейдль 2 ноября просил вызвать бывших в период гитлеровской оккупации генерал-губернаторов Кракова, Радома, Варшавы, Люблина и некоторых других городов Польши, а также трех бывших технических работников аппарата Франка.
Подсудимые Риббентроп и Розенберг через своих защитников просили Трибунал затребовать и предоставить в их распоряжение ряд документов, без чего они считали невозможным подготовить свою защиту. Так, Риббентроп ходатайствовал о предоставлении в его распоряжение так называемых «Белых книг» германского министерства иностранных дел за 1938—1944 гг., в которых соответствующие факты были подтасованы с целью оправдать гитлеровскую агрессию. Не надеясь на составленные по его указке «Белые книги», Риббентроп одновременно просил о вызове в качестве свидетеля бывшего начальника правового отдела германского министерства иностранных дел Гауса.
Ряд ходатайств был заявлен защитником подсудимого Шахта адвокатом Диксом. У подсудимого Шахта нашлись доброжелатели в Англии и других странах, которые сами предложили свои услуги в качестве свидетелей. Так, например, английский коммерсант Ричард Мертон 15 ноября 1945 г. подал заявление с просьбой вызвать его в качестве свидетеля по делу Шахта, так как он уверен в том, что «Шахт не являлся военным преступником и был настроен против Гитлера».
Большинство этих ходатайств Трибунал отклонил.
Защитник подсудимого Деница поставил вопрос о допросе бывшего командира германской подводной лодки Экка, виновного в потоплении торговых судов. К тому времени Экк был приговорен к смертной казни английским военным судом, однако в связи с ходатайством о его допросе исполнение приговора было временно приостановлено.
Наряду с этим следует отметить такие ходатайства:
О компетентности Международного Военного Трибунала судить главных немецких военных преступников
Перед началом процесса поступило заявление от защиты, в котором был поставлен вопрос о некомпетентности Трибунала судить главных немецких военных преступников.
Защита предлагала вызвать экспертов — специалистов в области международного права для установления основания уголовной ответственности подсудимых за действия, которые вменяются им в вину.
На утреннем заседании 21 ноября 1945 г. председатель Лоренс объявил решение Трибунала по этому заявлению защиты. В решении указывалось, что вопрос о юрисдикции Трибунала на основании статьи 3 Устава не подлежит обсуждению, поэтому рассмотрение дела будет продолжаться.
Попытки в этом направлении со стороны подсудимых и их защитников предпринимались неоднократно.
Так, 22 марта 1946 г. защитник Гесса адвокат Зейдль, получив слово для представления доказательств, начал с того, что Гесс «продолжает оспаривать правомочия Трибунала разбирать его дело».
Председательствующий разъяснил адвокату, что согласно статье 3 Устава «Ни Трибунал, ни его члены, ни их заместители не могут быть отведены обвинителем, подсудимым или защитой».
Защитник подсудимого Иодля адвокат Экснер 22 ноября 1945 г. просил Трибунал разрешить его ассистенту профессору Ярройсу по мере необходимости замещать Экснера на судебных заседаниях.
Трибунал сделал для профессора Ярройса исключение, он был допущен присутствовать в зале суда в качестве помощника адвоката Экснера и даже произнес речь по общеправовым вопросам от имени всех защитников.
В ходе процесса возбуждались ходатайства об отводе отдельных документов, отводе отдельных вопросов или допросе, вызове для перекрестного допроса свидетелей обвинения
и т.п., но главным образом возбуждались ходатайства о вызове многочисленных свидетелей и истребовании различного рода документов.На утреннем заседании 8 января 1946 г. адвокат Тома заявил, что среди представленных американским обвинителем документов о преследовании нацистами церкви есть документ, подписанный Розенбергом. В этом документе говорится о веротерпимости Розенберга, и вообще из представленных обвинителем документов нельзя сделать заключение о том, что Розенберг преследовал церковь. Поэтому защитник протестует против обвинения Розенберга в преследовании церкви.
Председатель разъяснил адвокату Тома, что сейчас документы представляются обвинением. Что касается возражения защитника, то для этого ему будет предоставлена возможность на более поздней стадии процесса, когда защитники будут приводить как любые доказательства для защиты подсудимых, так и оспаривать представленные обвинителями доказательства.