Кальтенбруннер обвиняется по первому, третьему и четвертому разделам Обвинительного заключения. Он вступил в нацистскую партию Австрии и в СС в 1932 году. В 1935 году он стал руководителем СС в Австрии. После аншлюса он был назначен статс-секретарем по вопросам безопасности в Австрии и, когда в 1941 году эта должность была упразднена, он был назначен высшим руководителем СС и полиции. 30 января 1943 г. он был назначен начальником полиции безопасности и СД, руководителем главного управления имперской безопасности (РСХА), — должность, которую раньше занимал Гейдрих до его убийства в июне 1942 года. Кальтенбруннер имел чин обергруппенфюрера СС.
В качестве руководителя СС в Австрии Кальтенбруннер принимал активное участие в подрывной деятельности нацистов, направленной против правительства Шушнига. В ночь на 11 марта 1938 г., после того как Геринг приказал национал-социалистам Австрии захватить контроль над австрийским правительством, 500 австрийских эсэсовцев под командой Кальтенбруннера окружили государственную канцелярию, а специальный отряд под командой его адъютанта ворвался в здание этой канцелярии в то время, когда Зейсс-Инкварт вел переговоры с президентом Микласом.
Однако нет никаких доказательств о причастности Кальтенбруннера к планам ведения агрессивной войны на каком-либо другом фронте. Аншлюс, хотя он и был актом агрессии, не инкриминируется как агрессивная война, и доказательства против Кальтенбруннера по первому разделу не указывают, по мнению Трибунала, на его непосредственное участие в каких-либо планах ведения подобной войны.
Когда Кальтенбруннер 30 января 1943 г. стал начальником полиции безопасности и СД и главой РСХА, он возглавил организацию, которая включала главные отделы гестапо, СД и уголовной полиции. В качестве начальника РСХА Кальтенбруннер имел право отдавать приказы о превентивном заключении в концентрационные лагеря и об освобождении из них. Приказы такого характера были обычно скреплены его подписью. Кальтенбруннер был осведомлен об условиях содержания в концентрационных лагерях. Он, несомненно, посещал Маутхаузен, и свидетели показали, что он видел, как убивали заключенных, применяя различные способы казни: повешение, расстрел в затылок, умерщвление газом, что являлось частью демонстрировавшихся перед ним экзекуций.
Кальтенбруннер лично отдавал приказы о казни заключенных в этих лагерях, и его управление обычно использовалось для передачи в эти лагеря приказов о казнях, исходивших из отдела Гиммлера. В конце войны Кальтенбруннер принимал участие в подготовке к эвакуации заключенных концентрационных лагерей и к уничтожению значительного числа этих заключенных с тем, чтобы предотвратить освобождение их союзными армиями.
Во время пребывания Кальтенбруннера на должности начальника РСХА эта организация была занята выполнением обширной программы по совершению военных преступлений и преступлений против человечности. Эти преступления включали и жестокое обращение с военнопленными, и их убийство. Эйнзатцкоманды, действовавшие под контролем гестапо, производили отбор советских военнопленных. Сведения о евреях, комиссарах и других лицах, которые считались идеологическими противниками нацистской системы, передавались в РСХА, которое направляло этих лиц в концентрационные лагеря, где они умерщвлялись.
Приказ РСХА о введении в действие декрета «Пуля» был издан в период правления Кальтенбруннера; по этому приказу некоторые военнопленные, совершавшие побег и захваченные вновь, направлялись в Маутхаузен и там расстреливались. Приказ о казни бойцов отрядов коммандос был распространен гестапо на парашютистов в тот период, когда Кальтенбруннер был начальником РСХА. Приказ, подписанный Кальтенбруннером, предлагал полиции не вмешиваться в расправы над союзными летчиками, выбросившимися с парашютами.
В декабре 1944 года Кальтенбруннер принимал участие в убийстве одного из французских генералов, который содержался в качестве военнопленного.
В тот период, когда Кальтенбруннер возглавлял РСХА, гестапо и СД на оккупированных территориях продолжали жестоко обращаться с населением и совершать убийства, используя методы, которые включали пытки и заключение в концентрационные лагеря; обычно это делалось согласно приказам, подписанным именем Кальтенбруннера.
Гестапо несло ответственность за введение жестокого режима трудовой дисциплины для лиц, используемых для рабского труда, и Кальтенбруннер организовал для этой цели ряд исправительно-трудовых лагерей. Когда СС приступила к выполнению своей программы рабского труда, гестапо использовалось в качестве поставщиков необходимой рабочей силы путем отправки рабочих в концентрационные лагеря.