Когда началась война, Квислинг начал выражать опасения по поводу возможности вторжения Британии в Норвегию. Розенберг поддерживал эту точку зрения и передал Редеру план использования Квислинга для совершения переворота в Норвегии. Розенберг оказал содействие при созыве совещаний, имевших место в декабре 1939 года между Гитлером и Квислингом, которые привели к подготовке нападения на Норвегию и во время которых Гитлер обещал Квислингу финансовую поддержку. После этих совещаний Гитлер поручил Розенбергу организовать политическую эксплуатацию Норвегии. Через две недели после оккупации Норвегии Гитлер сообщил Розенбергу, что его решение напасть на Норвегию основывалось «
Розенберг несет главную ответственность за создание и проведение в жизнь оккупационной политики на оккупированных восточных территориях. 2 апреля 1941 г. Гитлер сообщил ему о предстоящем нападении на Советский Союз, и Розенберг изъявил согласие оказывать содействие этому мероприятию в качестве «советника по политическим вопросам».
20 апреля 1941 г. он был назначен уполномоченным по центральному контролю над проблемами, связанными с восточноевропейским районом. При подготовке планов проведения оккупации Розенберг провел много численные совещания с Кейтелем, Редером, Герингом, Функом, Риббентропом и другими высшими руководителями различных имперских ведомств. В апреле и мае 1941 года он подготовил ряд проектов инструкций по вопросам создания администрации на оккупированных восточных территориях. 20 июня 1941 г., за два дня до нападения нэ СССР, он обратился к своим ближайшим помощникам с речью по вопросам о проблемах и политике, связанных с оккупацией. Розенберг участвовал на совещании у Гитлера 16 июля 1941 г., на котором рассматривались вопросы администрации и оккупационной политики. 17 июля 1941 г. Гитлер назначил Розенберга имперским министром по делам оккупированных восточных территорий и возложил на него полномочия по руководству гражданской администрацией на этих территориях.
Розенберг несет ответственность за систему организованного грабежа как общественной, так и частной собственности во всех захваченных немцами странах Европы. Действуя по приказу Гитлера от января 1940 года о создании «Хоэ Шуле», он организовал «эйнзатцштаб Розенберга» и руководил им; этот штаб грабил музеи и библиотеки, конфисковывал произведения искусства и коллекции, грабил частные дома. Его собственные отчеты отражают размеры произведенных конфискаций. По мероприятию «М» («мебель»), проведенному в декабре 1941 года по предложению Розенберга, было разграблено на Западе 69 619 еврейских домов, из которых 38 000 было разграблено лишь в одном Париже. Потребовалось 26 984 железнодорожных вагона для того, чтобы перевезти в Германию конфискованную мебель. Начиная с 14 июля 1941 г. «эйнзатцштабом» на Востоке было захвачено более 21 903 предмета искусства, включавшие знаменитые картины и музейные редкости.
С назначением Розенберга 17 июля 1941 г. имперским министром по делам оккупированных восточных территорий он стал высшим должностным лицом в этих районах. Он помогал формировать основные положения политики германизации, эксплуатации, насильственного труда, истребления евреев и противников нацистского режима и создал управление, которое проводило эту политику в жизнь. Он принимал участие в совещании от 16 июля 1941 г., на котором Гитлер заявил, что они стояли перед задачей:
«Разрезать этот огромный пирог в соответствии с нашими потребностями для того, чтобы иметь возможность, во-первых, господствовать над ним, во-вторых, управлять им и, в-третьих, эксплуатировать его».
Гитлер указал, что предусматривается применение безжалостных мер. На следующий день после этого совещания Розенберг принял это назначение.