Несмотря на подобного рода убеждения и часто высказывавшуюся им критику «антинародной» политики Гитлера, на чиновнике центрального аппарата и бригадефю-рере СС Вернере Бесте как руководителе одного из ведомств РСХА, лежит значительная вина за преступления, совершенные немцами в Польше в начале Второй мировой войны. В этой связи в конце 1960-х гг. берлинская прокуратура обвинила его как руководителя ведомства I (организация, администрация и право) в создании «карательных отрядов полиции безопасности» во время немецко-польской войны, одним росчерком пера приговорившего к смерти 8723 польских еврея, священника и деятеля культуры.
Вернер Бест, который, благодаря его теоретическим изысканиям и свойственному ему таланту претворять их в практику, способствовал созданию политической полиции Третьего рейха и, прежде всего, помог приходу к власти своих начальников в критические начальные годы, теперь был потеснен в РСХА и в конце мая 1940 г. покинул ряды этой организации. Почти семь лет он проработал рядом с Гейдрихом, тщетно пытаясь заручиться личной дружбой своего более молодого руководителя. Однако отношения между Бестом и Гейдрихом с годами по сугубо личным причинам настолько ухудшились, что Гейдрих в неприятном «отщепенце» почуял конкурента и стал его ненавидеть.
После того, как 36-летний Вернер Бест летом 1940 г. окончил двухмесячные курсы по подготовке пехотинцев, в августе того же года верховным командованием сухопутных сил он был назначен начальником административного отдела при штабе командующего войсками во Франции в Париже. Отдел Беста занимался вопросами организации и деятельности местной администрации в оккупированной части Франции. Помимо наблюдения за полицией, на его отделе лежала обязанность подавлять французское движение Сопротивления.
Благодаря его деятельности во Франции Вернер Бест изучил проблемы администрирования оккупированной страны и поэтому предложил свою кандидатуру на вакантный пост имперского уполномоченного в Дании. После его перехода в ведомство иностранных дел в начале 1942 г. Бест занял эту должность. Новый имперский уполномоченный и представитель МИДа в Копенгагене с помощью политики «мягкой руки» хотел осуществить свою концепцию немецкой «наблюдательной администрации» в условиях наименьших персональных и организационных расходов. Бест сомневался в успехе оккупационной политики, основанной лишь на жесткости, и верил, вполне в духе свойственного ему народного мировоззрения, «что продолжительное руководство не может осуществляться без или против воли управляемого населения». В конце концов, согласно мнению главного управления СС, датчане должны войти в состав германского сообщества. Поэтому, проводя прагматическую, характеризующуюся разумностью и предусмотрительностью оккупационную политику, Бест избегал всякого рода излишних ущемлений суверенитета страны. Однако попытка осуществить примирительную и основанную на взаимопонимании политику и тем самым подтвердить немецкую позицию в «образцовом протекторате» — Дании — ему не удалась. Поскольку после поражений немецких войск в 1943 г. движение Сопротивления в Дании становилось все более организованным, а количество актов саботажа постепенно росло, появилась угроза, что примирительная политика Вернера Беста буквально взлетит на воздух. Правда, он все равно пытался найти политическое решение проблемы и даже вступил в конфликт с Главной квартирой фюрера. Гитлер принудил своего имперского уполномоченного к принятию жестких мер и приказал осуществлять контртеррор по отношению к участникам датского движения Сопротивления, за одного уничтоженного немца ликвидируя пятерых датчан. Бест выступил против этого решения из политических соображений. Он не верил, что подобного рода акты возмездия смогут испугать террористов и «сообщников союзников» и помешать им проводить дальнейшие акты саботажа; они только настроят датское население против немецких оккупационных властей. После того, как в конце августа 1943 г., в связи с увеличившимися актами саботажа в Дании было объявлено военное положение и датское правительство подало в отставку, честолюбивая политика сотрудничества Беста, похоже, в конце концов, дала сбой. Для него, как пожаловался Гиммлеру Бест, «Дания — этот политический конь для парадов» — приказал долго жить.