Геннадий Новгородский проводил на Новгородской земле политические и церковные стремления центрального правительства. Он четко осознавал первостепенную важность для страны сильной центральной власти и разумность подчинения ей власти на местах. Проводя эту политику, он действовал последовательно (осторожно, не спешил, не делал ошибок). Он сформулировал программу отношения духовенства к правительственной власти, обосновал целесообразность исполнения разумных приказов этой власти. Но он подчеркивал, что государи должны признавать руководящую роль православного духовенства, должны советоваться с этим духовенством, черпать в общении с ним духовную силу, здоровье, мудрость. Понимая особую важность для страны сохранения и упрочения духовно-нравственной основы общества, верного православного стержня в душе людей, он собрал отдельные части переписанных библейских книг в полный свод Священного Писания на славянском языке; также внес свой ощутимый вклад в улучшение образования духовенства.
Геннадий Новгородский вел 20 лет борьбу с «ересью жидовствующих». Вести эту борьбу было сложно не только из-за низкого культурно-образовательного уровня слишком многих его соотечественников, но и потому, что иудейские проповедники, распространявшие свое тайное учение, получили определенную поддержку в Москве при великокняжеском дворе, ввели в круг московской элиты своих сторонников.
Усилиями здравомыслящих русских людей во главе с Геннадием Новгородским и Иосифом Волоцким «ересь жидовствующих» была низложена, но ее сторонники пытались оклеветать Геннадия Новгородского и Иосифа Волоцкого в глазах их современников и потомков. Отчасти им это удалось. Геннадий Новгородский действительно предлагал крутые меры для борьбы с ересью, одобрял административное давление на них приемлемым, считал бесполезным тратить время на устные дебаты с ними, предлагал их физически уничтожать – этого они ему и не простили. Он стал жертвой клеветы. Его обвинили в том, что он берет мзду при содействии в церковной карьере духовенства, свели его в 1504 г. с новгородской кафедры. После этого о. Геннадий поселился в московском Чудове монастыре и вскоре умер. Для думающих людей архиепископ Геннадий Новгородский был и остается яркой честной личностью, стойким борцом за интересы русского государства, счастье и благополучие православных людей.