Вначале ревностный последователь натурфилософского направления, И. Мюллер сделался потом еще более рьяным противником его. Вообще наклонный к философствованию, он рано впал в крайность господствовавшей тогда школы и еще во-время успел выйти из нее и сделаться одним из основателей положительного направления в Германии. Приняв на себя редактирование физиолого-анатомического журнала, Мюллер излагает вначале свой взгляд на методу положительного исследования. «Точная метода при эмпирическом анализе фактов составляет необходимую задачу натуралиста, — говорит он. — Хотя и установление некоторых возможных теоретических взглядов входит также в его область, но все же то, что именно называется гипотезой, может иметь значение только как повод к новым эмпирическим исследованиям, и нужно всегда иметь в виду, что не простое установление теории, но разрешение ее справедливости составляет настоящую область эмпирического естествоиспытателя. Чем менее кто-либо представляется точными эмпирическом анализировании фактов, тем менее он имеет право на построение теоретических комбинаций. Если рассматривать спор между двумя знаменитыми сочленами Французской академии о методе естественных наук, независимо от его национального интереса, то окажется несомненным, что именно метода Кювье есть такая, которая должна принести естествознанию прочные и истинные плоды. Эта метода отнюдь не исключительно эмпирична, и хотя она и опасается установления общих законов, но при ней анализ фактов всегда зависит от постоянной, точной, логической операции ума. Напротив того, знаменитый Жофруа вследствие стремления к аналогиям и законам, несмотря на весь талант, ум и заслуги, все-таки часто и сильно ошибался. Не подлежит, однакоже, сомнению, что бессмертный Кювье в упомянутом споре не раз был неправ и заходил чересчур далеко. Метода, против которой он восстает, часто приводила как в Германии, так и во Франции к бесплодным умозрениям. Но возвышенный образ, который получила анатомия через посредство истории развития и сравнительной анатомии в философском смысле, особенно в Германии, соответствует очень мало недостаткам принципов, которые оспаривает Кювье. В действительности невозможно отрицать того, что природа в каждом большом отделе животного царства не уклоняется от известного плана творения и сложения из частью различных, частью же аналогических частей, что этот план лежит в основе всех позвоночных и что природа допускает только в виде исключения сокращение и увеличение числа в силу индивидуальных свойств отдельных существ». Эта цитата чрезвычайно рельефно характеризует как взгляд Мюллера, так и воззрение целого положительного направления, непосредственно предшествовавшего дарвиновскому. Дедуктивному методу отводится самая скромная роль и в то же время на взаимное родство животных смотрится, как на выражение общего плана в совершенно схематическом, идеальном смысле слова, 56 тогда как о возможности кровного родства между различными видами не упоминается вовсе, как о предмете, выходящем из пределов положительной методы. Само собою явствует, что, являясь сторонником Кювье в споре его с Э. С.-Илером, И. Мюллер наносит идее трансформизма в Германии приблизительно такой же ущерб, какой она потерпела во Франции от Кювье. Понятно также, что эти два великие человека, действовавшие друг за другом на несколько поколений, должны были сильно задержать ход развития теоретических воззрений на организованный мир. И. Мюллер относится к теории трансформизма, если можно, еще более отрицательно, чем Кювье, и вот почему о ней ничего не говорилось на профессорских лекциях в те времена, когда был жив Мюллер и когда в числе слушателей его был Геккель и многие другие из живущих еще натуралистов.
Хотя во взглядах Мюллера на вопрос о виде и разновидности не заключается ничего существенного, чего бы не было раньше его высказано Палласом или Кювье, тем не менее, в виду большого значения берлинского профессора в деле исторического развития науки, нам необходимо несколько остановиться на них.