Немаловажное значение в деле изменения организации Дарвин приписывает употреблению и неупотреблению органов. Фактор этот, составивший, как известно, один из основных принципов теории Ламарка, отодвинут Дарвином на несравненно более дальний план и оставлен им для объяснения некоторых случаев, к которым не может быть приложена теория подбора. Исходным пунктом служит наблюдение, что употребление увеличивает, а неупотребление уменьшает данный орган (основной принцип всякой гимнастики), а также то, что результаты эти способны к наследственной передаче. При этих условиях легко понять, что какой-либо орган, сделавшись не нужным для данного существа, атрофируется от неупотребления в течение ряда поколений. С этой точки зрения объясняется слепота многих подземных животных, у которых хотя и существуют глаза, но недоразвитые и не способные видеть. К этой же категории явлений относится отсутствие способности летать у некоторых птиц и насекомых, приобревших это свойство постепенно, вследствие продолжительного неупотребления. Принцип неупотребления особенно важен потому, что с его помощью объясняется присутствие рудиментарных, не исполняющих никакой роли органов. В нестоящее время уже никто не сомневается в присутствии таких частей, которые, не совершая никакого отправления, служат лучшими указателями систематического родства организмов. Так, например, рудиментарные крылья у некоторых птиц, жуков и бабочек указывают на то, что эти животные имели родоначальников, снабженных вполне развитыми и годными к употреблению крыльями и т. д.
Некоторую роль в деле изменения организмов и образования видов Дарвин приписывает непосредственному влиянию внешних условий. В этом отношении он резко расходится со многими из прежних теорий трансформизма, которые ставили этот фактор изменения на первый план. В пользу своего воззрения Дарвин ссылается на случаи нахождения многих видов и даже разновидностей при очень различных внешних условиях, например в различных климатах; на то же указывает общее правило, что изменения организмов гораздо более зависят от их внутренних, природных свойств, нежели от особенностей внешней обстановки. Несмотря, однакоже, на то, что в общем внешние влияния непосредственно очень слабо действуют на изменение организации, в некоторых случаях они могут производить замечательные видоизменения. В этом отношении особенно интересны примеры действия некоторых веществ на изменение цвета. Так, например, обыкновенный бразильский зеленый попугай от принятия в пищу жира некоторых сомообразных рыб, получает ярко-красные и желтые перья. Южноамериканские индейцы для получения яркожелтых перьев впрыскивают под кожу многих птиц молочный сок, выделяемый из кожи одной маленькой жабы, и т. д.
Итак, Дарвин отнюдь не доказывает, чтобы естественный подбор объяснял решительно все видовые особенности организмов, хотя и считает, что он есть главнейший деятель при произведении видов. Следовательно, против дарвинизма могут быть приведены только такие случаи, которые не объяснимы ни путем подбора, ни действием закона соотношения, ни с помощью закона употребления или неупотребления органов, ни, наконец, путем непосредственного влияния внешних условий.
С помощью своих основных принципов Дарвин объясняет множество фактов, замеченных в природе, и до него остававшихся необъясненными. Мы уже видели, каким светом освещает он случаи нахождения рудиментарных органов, совершенно непонятных без помощи теории трансформизма. Такие крупные результаты, как, например, прогрессивный ход организации и специализирование ее у различных форм, он сводит к действию естественного подбора и других второстепенных агентов изменяемости видов. С той же точки зрения им объясняется много фактов, замеченных геологами, например, исчезновение множества форм и то, что исчезнувшие формы более никогда не появляются снова.
Мы знаем уже из исторического очерка, что еще Бюффон приложил теорию трансформизма к объяснению фактов географического распределения организмов на земной поверхности. Дарвин идет еще дальше в том же направлении. Исходя из того принципа, что, по его теории, каждый вид мог получить начало в одном только пункте земного шара, он принимает распространение от этого основного центра во все другие пункты местонахождения того же вида. Отсюда вытекает, что чем больше будет данное существо снабжено средствами переселения, тем легче оно может преодолевать естественные препятствия миграции и наоборот. С этой точки зрения легко объясняются такие факты, как, например, присутствие птиц и летучих мышей и отсутствие других сухопутных млекопитающих на удаленных от материков островах, так же точно, как и тот общий факт, что такие острова вообще бедны видами, но зато имеют сравнительно большое количество эндемических, им одним свойственных видов.