Следует заметить, что вся теория разнородного произрождения построена исключительно дедуктивным образом. Факты, приводимые Келликером, как, например, случаи превращения, перемежающегося размножения и пр., служат у него только для установления аналогий. Критика заметила это отсутствие прочных оснований и потому признала справедливость только некоторых положений его теории. Она нашла возможным принять внезапное происхождение форм, но только в ограниченном смысле и в случаях, выходящих из общего правила. Она совершенно отвергла генеалогическую сложность, принимаемую Келликером, тем более что географические факты, которые он старается объяснить, гораздо проще вяжутся с теорией однородного происхождения, т. е. с теорией, по которой родственные между собою организмы необходимо связаны общим происхождением от одного родоначальника.
Всего большее сочувствие встретила мысль Келликера о присущей организмам внутренней изменяющей способности. В этом отношении он сошелся со многими другими новейшими трансформистами, между которыми первое место бесспорно занимает Нэгели (профессор ботаники в Мюнхене). Занимаясь в течение многих лет научной разработкой вопроса о происхождении видов, он представил целый ряд фактов и соображений, имеющих особенную цену.
Еще в 1865 г. Нэгели высказал убеждение, что «образование более или менее постоянных разновидностей или рас не составляет следствия и выражения внешних деятелей, но определяется внутренними причинами». Под последними он разумеет вообще всю сумму явлений, представляемых организмом, включая сюда и результаты внешних условий, действовавших на него и на его предков. Признавая, подобно Келликеру, присущую организмам внутреннюю способность изменяться, Нэгели идет дальше и пытается несколько ближе определить ее. Он утверждает, что «индивидуальные изменения совершаются не неопределенно, не равномерно вовсе стороны, но по преимуществу в определенном направлении, вверх, стремясь к усложнению организации». Таким образом, он устанавливает, подобно Ламарку,
К подобному выводу Нэгели был приведен невозможностью объяснить все явления усложнения организации посредством одной теории подбора. Он признает, что естественный подбор должен был значительно повлиять на физиологическую сторону организма и содействовать изменению органов ради определенного отправления. «У растений, — говорит он, — одна и та же физиологическая роль может быть выполняема совершенно различными органами, даже у близких между собою растений; один и тот же орган может выполнять всевозможные физиологические отправления». Вследствие этого естественный подбор у растений относится совершенно безразлично к различным, чисто морфологическим сторонам организма, которые сохраняют тем не менее необыкновенное постоянство и прочность. К числу таких особенностей нужно отнести топографическое отношение и распределение клеточек и органов растения.