Признавая таким образом, что существенные морфологические основы растений не могли произойти путем подбора, Нэгели сводит их все к действию присущего организмам стремления к прогрессивному развитию. С этой точки зрения существование многочисленных низших организмов представляется в высшей степени парадоксальным. В самом деле, как же согласить такое постоянство столь многих форм с присутствием у них неисчерпаемого источника изменений, действующего даже в том случае, когда организм вполне приспособился к окружающей среде? Чтобы выйти из этого затруднения, Нэгели прибегает к гипотезе произвольного зарождения. Он утверждает, что этим путем образовались как первые низшие организмы на земле, от которых произошли высшие из ныне живущих представителей обоих царств, так и соответствующие низшие организмы последующих эпох, включая сюда и современную. Таким образом, существование на земле живых существ самых различных ступеней развития объясняется происхождением их через аналогическое изменение низших одноклеточных организмов, появлявшихся в различные геологические периоды. «С точки зрения этой теории, — говорит Нэгели, — из ныне живущих растений по крайней мере часть явнобрачных произошла от впервые возникших одноклеточных растений; сосудистые тайнобрачные произошли от растений, появившихся несравненно позже; мхи, лишаи, водоросли имеют еще более позднее происхождение. Хотя растительное царство в своем нынешнем виде и представляет восходящие ряды, но эти ряды не истинно генеалогические, а только различной высоты концы аналогических видов».
Нет надобности входить в подробный критический разбор этой теории, для того чтобы видеть, что она построена на чрезвычайно шатких основаниях. В пользу одной, самой по себе уже смелой гипотезы приводятся ие прочные научные доводы, а другая, еще более смелая и притом резко противоречащая фактам гипотеза. Против нее прямо говорят примеры существования неизмененных видов в течение нескольких геологических эпох, например: одной корненожки (Globigerina balloades), дошедшей до нас со времен меловой формации, одной из низших инфузорий (Peridinium monas), жившей во время каменноугольной формации и живущей по настоящее время, некоторых брахиопод и пр. Предположить, чтобы в столь различные времена путем произвольного зарождения могли образоваться одни и те же виды, нет ни малейшего основания, и сам Нэгели не делает этого, так как он принимает, что этим способом получались в различные времена сходные аналогичные формы, но отнюдь не тождественные.
Итак, Нэгели, подобно Ламарку, признает два основных фактора, обусловливавших изменение живых форм. Наиболее существенным оба они считают прогрессивное развитие; что же касается другого фактора, то они расходятся в том отношении, что Ламарк принимает усиленное упражнение органов, тогда как Нэгели останавливается на естественном подборе. Результат действия обоих факторов Нэгели представляет себе следующим образом: «Принцип полезности (или естественный подбор) имеет влияние на образование физиологических, а принцип прогрессивного развития (или совершенствования) — на развитие морфологических особенностей. Первый ведет в большинстве случаев к образованию рас и видов путем накопления мелких, незаметных уклонений. Второй принцип по свойству своей природы влияет больше путем резких внезапных переходов, так как между многими морфологическими типами, по крайней мере в растительном царстве, переходные ступени немыслимы и невозможны».
Теория Нэгели в общих чертах встретила сочувствие среди германских ботаников, которые склонились в пользу воззрения, что естественный подбор объясняет только некоторые стороны вопроса, тогда как существенный пункт, именно образование форменных, систематически важных признаков, не может быть понят иначе, как при помощи особенного внутреннего стремления растений к изменению. Из последователей этой теории особенно выдался Аскенази, написавший целый трактат, посвященный подтверждению и дальнейшему развитию. основных принципов Нэгели.