Петербурге узнали об эпидемии в Киеве лишь через месяц после начала. В октябре для борьбы с чумой туда командировали лейб-гвардии Измайловского полка майора и от армии генерал-майора, кавалера ордена Св. Анны, Ф.И. Шипова. В Киев он приехал в сопровождении нескольких офицеров, привел в порядок карантинную сеть, оцепил караулами все зараженные селения и сжег зараженные дома. Вокруг города был организован строгий карантин, за пределы которого киевлян пропускали лишь при условии, чтобы никто из них ничего, кроме шубы надетой на их платья, не имел. У лиц, приезжавших из Польши, отбирали и сжигали почти все, особенно же новые сукна, полотно и разные материи. Кроме того, все путешественники должны были выдерживать строгий карантин в Кузине-хуторе, Козельце, Борках и Серпухове. Категорически был запрещен провоз всяких вещей из Польши или из Турции, и список провозимых каждым путником вещей представлялся на подпись Шипову.
Шипов нашел в Киеве много беспорядков и нарушений карантинных правил; например, киевляне беспрепятственно выбирались из города через Днепр. Шипов запретил такую переправу, велел запереть и запечатать все принадлежащие киевлянам лодки, кроме рыбацких и монастырских. Солдаты были деморализованы, грабили зараженные дома и пересылали вещи своим родным.
Кроме Киева, чумой был поражен еще ряд украинских городов (Чернигов, Переяславль, Козелец и окрестные селения), например в Нежине за 5 месяцев (с февраля 1770 г. по июнь 1771 г.) от нее погибло 8–1 0 тыс. человек.
Осенью 1771 г. болезнь появилась в Таганроге, на Кубани и на Дону. Государственный совет распорядился послать в Таганрогский порт указ «дабы по продолжающейся на Кубани опасной болезни, откуда она и на Дон перенесена, все вывозимое нашими из Тамана шелковое, шерстяное и другую рухлядь, заразе подверженная, не были впускаемы во флотилию и порты, но тотчас потопляемы в море».
В Таганроге в сентябре и октябре 1200 человек умерло от «опасной болезни». Лишь 3 января 1772 г. Шипов сообщил о «совершенном той болезни прекращении» в Киеве, Нежине и Новороссийской губернии, а 19 апреля — «о безопасности ныне от язвы во всем тамошнем крае». Но 3 сентября он снова уведомил о принятых им на границе мерах предосторожности в связи с появлением «опасной болезни» в Молдавии и в Польской Украине. Только год спустя, 5 сентября 1773 г., из Таганрога в Государственный совет прислан рапорт «о совершенном там прекращении опасной болезни». 7 января 1774 г. в Государственном совете рассматривался присланный из Киева рапорт Шипова «о безопасности от продолжающейся в Запорожье и в Умани опасной болезни» (Васильев К.Г., Сегал А.Е., 1960).
Появление чумы в Москве.
Все первичные сведения об эпидемии чумы в Москве собраны и интерпретированы врачами-контагионистами Лерхе, А.Ф. Шафонским и Д.С. Самойловичем. По этой причине уже более двух столетий в научной литературе рассматривается только одна версия — заноса чумы заболевшими людьми и их вещами. Но даже из их описаний эпидемии следует, что чума в Москве в 1770–1771 гг., как и в 1654–1655 гг., имела сезонный характер и распространялась из домовых крысиных очагов.Афанасий Филимонович Шафонский (1740–1811)
Один из основоположников отечественной эпидемиологии. Уроженец Украины, учился в университетах Галле, Лейдена и Страсбурга и получил дипломы доктора философии, правоведения и медицины. По возвращении в Россию был военным врачом, получил звание генерал-штаб-доктора и с 1769 г. назначен старшим доктором Московского генерального госпиталя. Обладая большими знаниями и незаурядным врачебным опытом, он первым распознал чуму при ее появлении в Москве и настойчиво предостерегал об опасности ее распространения. Был основным организатором борьбы с чумной эпидемией в Москве 1770–1772 гг. и по ее окончании составил обстоятельный труд «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве…» С 1781 г. оставил занятия медициной и, переселившись в родные места, занимал до своей смерти должности судебного деятеля в Чернигове, где и умер.