Первые случаи чумы в Москве отмечены в конце августа и в начале сентября 1770 г., в период нарастания численности молодняка грызунов и блох
Так как чума в Москве носила эндемичный характер, то не помогли и заградительные меры. Правительство ждало «заноса» чумы в Москву из действующей в Валахии армии. В сентябре 1770 г. Екатерина II особым указом предписала начальствовавшему в Москве графу П.С. Салтыкову, что ввиду появления в пограничных с нами польских местах «заразительной болезни… чтоб сие зло не вкралось в средину империи нашей, учредить заставу в Серпухове на самой переправе чрез реку и определить на оную лекаря, дабы все едущие из Малой России, кто б то ни был, там остановлен и окуриван был».
В ноябре в Москве появились слухи, что в Лефортовой слободе умер скрытно погребен какой-то приехавший из армии офицер. Его лечил лекарь и прозектор Московского генерального госпиталяЕвсеевский, который 23 ноября «болел горячкою с черными пятнами и умер».
Через несколько дней после смерти прозектора один за другим умерли 22 из 27 человек, прож ивавш их в том же здании вблизи госпиталя. Смерть наступала на 3—5-й день заболевания. Клинически у одних больных по-прежнему отмечалась «острая горячка с пятнами», но у других — врачи зафиксировали «бубоны и карбункулы». Эпидемия носила домовой характер.
В Москву постоянно приезжали люди и из Хотина, и из Польши, из Киева. С каждым из них, если он умирал от «горячки с пятнами» в период ноября-декабря 1770 г., может быть связана совершенно самостоятельная версия о заносе чумы. Но достоверность ее будет такова, как у версии заноса чумы в Астрахань в сентябре 1727 г. терским казаком, прибывшим 9 месяцев назад из крепости Св. Креста.
Появившуюся отдельными случаями смертельную болезнь врачи не признавали за «настоящую чуму». Российские власти всячески рассеивали подозрения «Просвещенной Европы». Екатерина II писала Вольтеру 2 декабря 1770 г.: «Не находите ли странным это сумасбродство, которое заставляет Европу всюду видеть чуму и принимать против нее меры, между тем как на самом деле она только в Константинополе». Это после чумы в Польше и на Украине!
Первым диагностировал чуму 21 декабря 1770 г. главный доктор Московского генерального сухопутного госпиталя Афанасий Шафон-ский. В тот же день он сообщил об этом Московскому штадт-физику и члену московской медицинской конторы доктору Риндеру. Последний, два раза осмотрев больных и умерших, никакого решения не вы нес. Тогда Шафонский особым рапортом уведомил Медицинскую коллегию в Петербурге. В рапорте Шафонский указав, что появившаяся в госпитале болезнь подозрительна на «моровую язву», потребовал со брать находящихся в Москве докторов для освидетельствования всех имеющихся в госпитале больных, а также «надзирателей, и работников, и прочих чинов, и их жен и детей».
На следующий день (22 декабря) были созваны на совет находившиеся в Москве доктора. Совет состоялся в присутствии штадт-физика («штадт физикус» — главный врач в Москве и Петербурге) Риндера. Врачи единогласно подтвердили, что «появившаяся в госпитале, что на Введенских горах, болезнь должна почитаться за моровую язву, для прекращения которой всю госпиталь от сообщения с городом надлежит отделить».
Риндер в тот же день переслал Шафонскому секретный указ, в котором подтвердил, что «оная болезнь должна почитаться за моровую язву». Им предписывались те же меры, которые были приняты на совете докторов, т. е. пресечь всякое сообщение с городом и «в предосторожность от означенной болезни и в пользовании от оной больных, во всем поступать в силу объявленного общего помянутых докторов наставления». Госпиталь оцепили военным караулом. В нем находилось около 1 тыс. человек. Там же был «заперт» и сам Шафонский.