В начале лета 1803 г. чума появилась в Северной Имеретии. В то же время она продолжалась в Тифлисе, где от нее особенно страдало гражданское население. Но болезнь еще не была признана чумой, а называлась в донесениях просто «заразительной болезнью» или «заразою». Меры изоляции были приняты не сразу, и поэтому болезнь распространялась. Вследствие запрещения покидать города, народ стал волноваться, и правительство опасалось восстания. Несмотря на оцепление, многим жителям Тифлиса все же удалось бежать, а открыто протестовавшие против оцепления армяне были арестованы. Вскоре в Тифлисе обнаружился недостаток в лекарствах, так как продавцы лекарств бежали в неизвестном направлении.
В конце июля Кавказская санитарная комиссия предписала сжечь псе вещи, которых касались больные чумой, кроме кожаных и металлических. Их предписано обмывать в уксусе. 7 июля чума появилась в Душете, в 90 верстах от Тифлиса, и жители этого селения бежали в горы. То же самое произошло в Гори (в 150 верстах к северо-западу от Тифлиса). Наконец жителям Тифлиса разрешили выезд из города, но с тем условием, чтобы они не брали с собой вещей «подозрительных или подверженных зачумлению». В это время Грузинская медицинская управа уже признала эпидемическую болезнь за настоящую моровую язву или чуму. В Тифлисе и Душете были учреждены карантины. Трупы умерших людей велено «закапывать поглубже». По приказу, пришедшему из Петербурга 12 сентября, военные власти оцепили зараженные места кордоном, а на границе между Россией и Кавказом установили строгий карантин. Медицинский персонал в Тифлисе был усилен, но из вновь прибывших из России врачей четверо погибли от чумы. С 4 ноября стало наблюдаться некоторое затихание чумы в Тифлисе, но она появилась севернее Тифлиса, в городе Телави. В декабре 1803 г. чума прекратилась по всей Грузии. Власти подвели «итоги» эпидемии: «С начала появления болезни до признания оной за “чумную” умерло лиц разного звания и обоего пола — 50 человек. С 15 июля 1803 г. по 1 августа 1804 г. в Тифлисе умерло “воинских чинов” — 146 человек; грузин, армян и разночинцев обоего пола — 141 человек. В Дорийском уезде умерло грузин, армян и татар — 382 человека. В Телави умерло 89 человек, среди них комендант с дочерью и 41 военный. В Телав-ском уезде умерло обывателей обоего пола — 373 человека; в Душете — человека; в Анануре — 256 человек».
Всего от чумы в Грузии тогда умерло 1570 человек. Санитарная ко миссия 12 августа 1804 г. объявила, что чума совершенно прекратилась на Кавказе, и на этом основании ходатайствовала об упразднении карантинов в Грузии. Однако отдельные пульсации природных очагов чумы, входящих в Приараксинский и Закавказский равнинный очаги, продолжались еще несколько лет. Осенью 1807 г. в Грузии вернулась чума,
тогда это объяснили прибытием людей, бежавших от чумы из других районов Кавказа. 29 февраля 1808 г. губернатор Гудович сообщил в Петербург, что «зараза в Грузии совсем прекращена».
Весной 1810 г. чума вновь появилась в Тифлисе, Сигнах, Гори, Телави и большинстве окрестных деревень. Возможно, эпидемия стала следствием активизации сформировавшихся ранее вторичных крысиных очагов. В мае эпидемия усилилась и захватила селения Аназур, Боржом и их окрестности. Среди гражданского населения тогда погибло 3700 человек.
В Тифлисе жителям было разрешено покинуть город и поселиться в окрестностях. Осенью эпидемия стала стихать, но на Карталинской возвышенности и в Имеретии чума продолжалась в октябре. В этом же месяце жителям Тифлиса позволено было вернуться в город, но с тем условием, чтобы возвращение происходило под наблюдением санитарной комиссии, которая также должна была следить за очищением домов. Для лиц, прибывших из местностей, где чума прекратилась шесть недель назад, был положен 24-часовой карантин, а для приезжих из местностей, в которых чума прекратилась только три недели назад, назначался 3-дневный карантин.