Уничтожение зараженных очагов производилось сожжением трупов и землянок со всеми находившимися в них вещами. Всех землянок сожжено 27. Стоимость земли, как и их инвентаря, по оценке была возвращена владельцам землянок или их наследникам. Сжигание производилось следующим образом: весь инвентарь, подлежавший сжиганию, складывался внутри землянок, стены обмазывались мазутом, вещи обливались мазутом, внутрь помещения накладывалось сено, и землянка зажигалась. Таким образом землянки сгорали, и от них оставались одни лишь черные полуразрушенные стены без крыш. Оказалось, что некоторые землянки обгорели недостаточно. Кое-где даже остались недогоревшие вещи. Кроме того, вскоре обнаружилось, что некоторые киргизы успели спрятать часть своих вещей (закопать в снег) еще до начала сжигания землянок. Они не предполагали, что за сожженные вещи будут платить их стоимость. Вследствие этого пришлось принять дополнительные меры по обеззараживанию Текебай-Тубека. Работы эти потребовали значительного числа рабочих рук и много времени. Они были произведены уже после снятия оцепления района Текебай-Тубек — Мереке и затянулись до 11 февраля. Для производства работ, в помощь отряду, находившемуся в Текебай-Тубеке, направлена рота солдат из Саратова. Вся местность в непосредственной близости от каждой из землянок была тщательно осмотрена и обследована так называемыми щупами, т. е. длинными шестами с острыми наконечниками. Прокалывая таким щупом снег, можно бопределить свойство предмета, находившегося под снегом, особенно если находившийся под снегом предмет был мягок и упруг, как например, одежда. Проходя щупом последовательно всю местность по соседству с землянками, удалось обнаружить много скрытых вещей. Таких вещей оказалось более 4 возов. Их сожгли. Некоторые киргизы сами указывали места, где они спрятали вещи. Владельцам этих вещей была уплачена стоимость их, а некоторые вещи были возвращены владельцам после дезинфекции. Все землянки, которые казались недостаточно обгоревшими, были вторично сожжены. Затем стены и печи всех землянок были разрушены до основания. Развалины и дворы были засыпаны слоем извести, а над грудами развалин поставлены столбы с надписями, гласившими об этом тяжелом событии.
Первые 35 человек, погибшие от чумы, похоронены односельчанами на двух кладбищах (в 26 могилах), расположенных по обе стороны Малого Узеня в расстоянии 0,5 версты от берегов реки. Для обеззараживания этих могил приняты следующие меры: на три аршина в длину и ширину вокруг каждой могилы сделана досчатая ограда в 1 аршин высоты, и огражденные таким образом пространства были засыпаны известью. Эти работы произведены во второй половине января 1901 г.
С окончанием работ солдаты и рабочие, во избежание разноса чумы, были тщательно обеззаражены, вымыты и одеты в новую одежду. Рабочим выдана одежда за казенный счет, а солдаты оделись в запасную одежду. Старая одежда солдат была продезинфицирована в дезинфекционной камере, а старая одежда рабочих была сожжена.
Заключительной мерой была дезинфекция всех землянок Текебай-Тубека и Мереке парами формалина с помощью аппаратов Лингнера и поголовная прививка хавкинской лимфой населения Текебай-Тубека и Мереке, что и удалось за малыми исключениями.
По соседству с Текебай-Тубеком за границей оцепления был устроен карантин (11 января). Для этой цели оцеплено 6 землянок, из которых одна предоставлена помощнику правителя, другую занял доктор Деляти-цкий, заведовавший карантином, третья приспособлена для дезинфекционной камеры, куда были поставлены аппараты Лингнера. Остальные три землянки отведены для прибывающих из оцепленного района.
За время существования оцепления в нем не наблюдалось чумных заболеваний. Заноса из оцепленной местности и не могло быть, потому что вплоть до снятия оцепления никто из оцепленного района не уезжал. Со снятием оцепления 26 января прекратилось существование карантина.
По прекращении всех работ по обеззараживанию Текебай-Тубека и Мереке, в Текебай-Тубеке был устроен врачебно-наблюдательный пункт, который просуществовал до 1 июня, когда были закончены все работы по борьбе с эпидемией чумы в Астраханской губернии. Деятельность этого пункта заключалась в оказании медицинской помощи населению района Текебай-Тубек — Мереке. Кроме того, врачи пункта обязаны были следить за подозрительными заболеваниями в пределах угого района и делать предохранительные прививки хавкинской лимфы тем лицам, которые не успели привиться раньше.
Такие же меры были приняты и в Ачикбае, имевшем отдельное оцепление. Оно было поставлено 8 и 10 января, по приезду принца Ольденбургского, ввиду ожидаемого в Ачикбае появления новых заболеваний. Но оказалось, после бывших там двух последних смертельных случаев от чумы в конце декабря месяца, новых заболеваний не было, и оцепление сняли 21 января.