Между тем как Москва все более и более заявляла о своем усилении, Новгород начал напрягать свои силы и внимание на защиту своей независимости. Возникавшее соперничество не могло не отразиться и на церковных отношениях. Вот почему со времени мит. Феогноста получает свое начало продолжительная история столкновений новгородских архиепископов с московскими митрополитами. Митр. Феогност, как все до сих пор бывшие послемонгольские митрополиты, довольно усердно объезжал свою митрополию: был в Брянске, в Костроме, дважды на Волыни и дважды в Новгороде. Не любивший в отношении своих доходов никаких недоборов, а скорее наоборот, митрополит вызвал прежде всего неудовольствие новгородцев именно на этой почве. Новгородский летописец под 1341 замечает: «приеха митр. Феогност-Гречин в Новгород с многими людьми; тяжко же бысть владыце и монастырем кормом и дары». Новгородцам неприятно было и то, что собираемые с них деньги митр. Феогност тратит на обстройку каменными храмами Москвы. Вскоре новгородские владыки нашли и повод жаловаться на митрополита патриарху. Когда митр. Феогност облек своего избранного владимирского наместника в крестчатую фелонь, то и новгородский архиепископ Василий, как старейший в русской земле, потребовал себе того же отличия. Феогност уступил, но когда он не дал этого отличия преемнику Василия, Моисею (с 1352 г.), то последний отправил на него жалобу к императору и патриарху, «прося от них благословения и исправления о непотребных вещех, приходящих с насилием от митрополита» (Новг. лет.). Решение по этому делу получилось уже при преемнике митр. Феогноста. Митр. Феогност скончался 11 марта 1353 г. и погребен был в Москве же, в построенной им церкви ап. Петра, по соседству с гробом прославленного им московского чудотворца.
Митр. Феогност замечателен в истории Москвы тем, что будучи чужим для Москвы по происхождению, он всю жизнь содействовал ее успехам, как добрый патриот. А что всего замечательнее, так это то, что свою москофильскую программу он довел до конца, т. е. постарался обеспечить ее проведение и в будущем через передачу ее своему преемнику. Быстрое возвышение Москвы на степень великого княжения при помощи внешней силы хана Золотой Орды собирало вокруг ее недовольство князей, претендовавших на эту степень по праву родового старшинства. Новый пришлый митрополит, пользуясь тем, что местопребывание кафедры находилось собственно во Владимире, мог быть увлечен на сторону противников Москвы и совсем не приезжать в нее на жительство. Очевидно, нужно было позаботиться получить такого преемника митр. Феогносту, который бы был верой и правдой привязан к Москве, т. е. нужно было оставить мысль о греке и возвести на митрополию москвича. Митр. Феогност ради идеи пожертвовал греческим патриотизмом и решил привести этот план в исполнение. Предшествующая неудача с кандидатурой архим. Феодора не могла не обескураживать князя и митрополита. Тогда это была незаконная претензия московского князя. А теперь он был законным великим князем. Решено было в преемники Феогносту выдвинуть знатного по происхождению и близкого ко двору инока Алексия.
Алексий (1353-1378 гг.)
Св. Алексий был вполне достойным кандидатом на пост митрополита русского. Он был сын черниговского боярина Феодора Бяконта, который переселился на службу к московскому князю Даниилу Александровичу и занял одно из первых при дворе его мест. Сын боярина Феодора, Симеон-Елевферий (впоследствии св. Алексий) был крестником княжича Ивана Даниловича (Калиты) и получил по своему времени высшее образование: «еще детищем будучи», говорит его житие, «изучися всей грамоте и в юности сый всем книгам извыче». В юношеском возрасте он постригся в московском Богоявленском монастыре и удивлял всех строгостью своих иноческих подвигов. После 6-летней приблизительно жизни в монастыре, он и был призван на служение русской церкви.