Через год после посвящения Фотий прибыл в Киев и здесь прожил полгода, примирив с собой Витовта. Затем он отправился в Москву и по обстоятельствам времени должен был начать свою правительственную деятельность с упорядочения только что пред тем расстроенного хозяйства митрополичьей кафедры. B 1408 г. жестоко опустошил московскую область хан Едигей и самую Москву держал в осаде. B столице, при отсутствии князя, наступила анархия, с сопровождающими ее воровством, грабежом и разбоем. B это время бояре и слуги митрополичьи постарались расхитить движимое имущество митрополичьего дворца. Подражая им, всякие власти и начальства тоже хищнически управились с митрополичьими вотчинами, т. е. с имуществами недвижимыми. Горячий нравом митр. Фотий начал восстановлять порядок крутыми мерами. Он не щадил даже великого князя, когда и тот оказывался повинным в нарушении некоторых финансовых прав митрополии; известно послание митрополита к князю с упреками за секуляризацию каких-то митрополичьих пошлин и с дерзновенной просьбой прекратить это злоупотребление. К тому же великому князю Фотий обращался с другим посланием, испрашивая у него содействия в утверждении за митрополией всех принадлежавших ей вотчин. Об успехах стараний Фотия летопись говорит: «стяжанья митропольи своея церковная и доходы Фотей митрополит нача обновляти и, что где изгибло, начат изыскивать; или от князей и бояр изобиженно, или от иных неких лихоимцев что восхищено, села, власти и доходы и пошлины Христова дому и Пречистыя Богородицы и свв. великих чудотворцев Петра и Алексия, он же вся сия от них взимаше и утвержаше крепко в дому Христове и Пречистыя Богородицы». Понятно, что такая деятельность создала митр. Фотию «целый облак» врагов в лице различных знатных и сильных хищников, которые постарались различными клеветами поссорить его с великим князем. «Возсташа», — говорит Никоновская летопись под 1413 г., — «неблазии человецы на Фотия митрополита и сотвориша на него клеветы к сыну его великому князю Василию Дмитриевичу, многож клевет нанесоша Фотию митрополиту на великаго князя и ссориша их и сотвориша нелюбие».
Но особенно жестоко отомстили Фотию изгнанные им «неправедные домоправители» митрополичьи, вооружив против него литовского князя Витовта. В 1414 г. пришла к митрополиту весть, «еже клеветы многа сотвориша на него лукавии человецы, иже бежаша от него с Москвы, свои его суще к черниговскому владыце, а оттуда в Литву к Витовту — и тако ссориша его с Витовтом и брань велию воздвигоша и святей Божией Церкви смущение и мятеж велий бысть». Мятеж этот устроил Витовт. Клеветники сумели разжечь у него вражду к митр. Фотию. Властолюбивый князь, мечтавший о независимом даже от Польши литовском государстве, давно желал иметь собственного православного митрополита, и теперь нашел повод привести свою мысль в исполнение. В крайнем случае он не стеснялся никакими препятствиями. Человек он был властный, аdvеrus сujus vim nес plеbs, nес nоbilitаs Lithuаnlае, по свидетельству польского историка Длугоша, аttоllоrе осulоs аut diсеrе аudеbаt.