Полемика против жидовствующих была только возбудителем для усиленной трактовки назревших больных и больших внутренних вопросов практического богословского и просветительного характера. XVI век, век усиленного московского государственного собирания Руси, был и веком попыток разрешить большие внутренние идейные вопросы в русской церкви. Стоглавый Собор, отразивший в себе эти усилия, уже не удостоил даже упоминанием соблазнительный факт бывшей ереси жидовствующих. Фактически она вымерла, вышла из моды. Новую пищу для критических умов занесло и на Русь огромное общеевропейское реформационное движение. Родная по языку и православию закордонная Литовская Русь была заразительно охвачена и взволнована извне занесенной реформационной бурей, ускорившей там процесс латинской реакции и насильственного введения унии. Москва не могла быть идейно незатронутой этими волнениями. Взаимная инфильтрация русских элементов через свободно открытую границу двух соседних государств переплела в эту эпоху несколькими общими именами историю духовных движений в двух формально разделенных частях Руси. B этом порядке неудивительно, что эпизод протестантских увлечений в Литовской Руси выходит на поверхность и в Москве.
Уродливый соблазн движения жидовствующих нашел почву в длительном застое мысли русского средневековья. Религиозная мысль, неутоленная торжественным шумом благолепных организационных начинаний митрополита Макария и Ивана Грозного, вернулась к тому критицизму и искательству, которое было приглушено гонением на жидовствующих. Теперь явно новым ферментом брожения явилась идущая из-за литовского кордона струя реформационного свободомыслия. Нельзя сказать, чтобы это свободомыслие, как и три четверти века тому назад в Новгороде, задело теперь в Москве широкие группы населения. По-прежнему тут незначительное, сравнительно обеспеченное столичное меньшинство. Взволновавшие его вопросы бесспорно протестантского происхождения.
Вскоре после парада Стоглавого Собора, в великом посте 1553 г. на исповедь к протопопу кремлевского придворного Благовещенского Собора, о. Симеону, пришел сын боярский, Матвей Семенович Башкин. Этот сын духовный показался протопопу «необычным». Сомнения и вопросы, поднятые им на исповеди, вовлекли духовного отца в сравнительно длительное и нелегкое общение с «необычным» духовным сыном. Все это вскоре выплыло наружу на духовном суде над Башкиным под руководством самого всероссийского митрополита Макария. Исповедальные беседы о. Симеона с Башкиным в том же году уже в Петровом посту смутили его настолько, что он рапортовал обо всем личному духовнику молодого царя, Успенскому протопопу Сильвестру. После чего и решено было провести этот необычный исповедальный казус через соборный суд. По письменному докладу о. Симеона, адресованному митрополиту, дело было так: на исповеди Матвей говорил духовнику: «великое-де дело ваше, написано деи: ничтож сея любви больши, еже положити душу свою за други своя. И вы-де по нас души своя полагаете и бдите о душах наших, яко слово воздати вам в день судный. И после того приезжал ко мне на подворье, да чол беседы евангельския, да учал мне говорити: Бога ради пользуй мя душевно. Надобеть-де, что написано в беседах тех честь, да на слово не надеятись, быти б и делом свершитися. Да все-де начало от вас. Прежде вам священником собою начало показати, да и нас научити. Да тутож в Евангелии есть «научитеся от Мене, яко кроток есмь и смирен сердцем, иго бо Мое благо и бремя Мое легко есть». Ино-де которая нужа человеку быти смирну, кротку и тиху? То-де все, что на вас лежит. Первое-де вам творити, да и нас учити. И после того прислал по меня человека, и я к нему приехал. И учал он говорити: во апостоле-де написано: «весь закон в словеси скончавается возлюбиши искренняго своего яко сам себе, аще себе угрызаете и снедаете, блюдите, да не друг от друга снедени будете». А мы-де Христовых рабов у себе держим. Христос всех братьею нарицает, а у нас-де на иных кабалы, на иных — беглые, а на иных — нарядные, а на иных — полные. А я-де благодарю Бога моего, у меня-де што было кабал полных, то-де есми все изодрал, да держу-де, государь, своих добровольно. Добро-де ему, и он живет, а не добро — и он куды хочет. А вам отцем пригоже посещати нас почасту и о всем наказывати, как нам самим жити и людей у себя держати и не томити».