По соглашению с царем и после предварительного допроса, Матвея Башкина фактически арестовали и перевезли под руководство двух опытных старцев в Иосифов Волоколамский монастырь. Башкин сначала запирался, утверждая чистоту своего православия, затем нервничал, взрываясь против отцов духовных, грозя им гневом Божиим, наконец, пришел к раскаянию и, по словам судебного акта, «исписа своею рукою и всем подлинно: и свое еретичество и хулы на своя единомышленники». «А злое учение принял он от литвина Матюшки оптекаря да Ондрюшки Хотеева, латынников». Хотя эти лица и называются в процессе иногда по паспорту «поляками», но вернее всего, что это были русские из Литвы, фармацевты по профессии и протестанствующие вольнодумцы по моде того момента, когда в либеральное царствование Сигизмунда II Августа (1544-1572 гг.) сначала пропылал эффектный пожар протестантских увлечений, а затем быстро расцвела побеждающая сила молодого иезуитского ордена. На время Литва Сигизмунда II Августа стала обетованной землей протестантства. Сами крайние еретики, новые антитринитарии, братья Социны — Лелий и Фауст, изгнанные из Германии, нашли для себя прибежище под короной вольной Польши в 1551 году. Иезуитская реакция вскоре победоносно обуздала заразу вольномыслия, но не отменила конституционной свободы, органически свойственной Польше. С той поры кальвинизм обосновался в Польше навсегда. И та же конституционная свобода служила зашитой и русскому православию. Русские беглецы на Москву заносили оттуда заразу протестантского критицизма. А гонимые Москвой еретики в свою очередь бежали в Литву, как в страну сравнительной религиозной свободы. Протестантский рационализм у москвича Башкина не был только заимствован из внешнего литовского источника. Как показало московское следствие, сравнительно давно подавленное вольномыслие жидовствующих продолжало бытовать в московских северо-западных, «заволжских» пределах. Эпигоны жидовского вольномыслия таились здесь от начала XVI века в гостеприимных для них монастырях нестяжательского толка. Тронутым всякого рода вольномыслием москвичам ясно было, куда обращаться за поддержкой и углублением в церковном критицизме. Там, в Заволжье протестовали против смертной казни еретиков. Там, у вельможного старца Вассиана Патрикеева спасались два монаха, обличенные в жидовстве. Башкин путешествовал в Заволжье для научения. Никоновская летопись говорит: «Да и на старцев на заволжских говорил, что его злобы не хулили и утверждали его в том». Башкин был не одинок. Из своей компании он указал на братьев Борисовых, Григория и Ивана, по видимости тоже москвичей. После покаянного испытания в Волоколамском монастыре, в декабре того же 1555 года освященный собор на Москве осудил даже и покаявшегося Башкина и его сотоварищей на пожизненное заключение: Башкин в. Иосифов монастырь, Иван Борисов на Валаам, другой Борисов тоже в северный монастырь. Суд и наказание были произведены в духе осифлянской строгости, ибо и сам митрополит Макарий был иосифлянином по убеждениям. Современная событиям рукопись Волоколамского монастыря из собрания Московской Духовной Академии № 362 гласит: «Осудил их государь царь православный, князь великий, Иоанн Васильевич да преосвященный Макарий митрополит и со всем священным собором в лето 7062-е декабря и в заточение их разослали. Матвей Башкин — привезли его в Иосифов декабря 22, в пяток. Привез Герман архимандрит» (это будущий святитель казанский). Никоновская летопись подводит итог: «Осудили еретиков неисходными быти, да не сеют злобы своея роду человеческому». Но кое-кто из них нашел исход. Иван Борисов с Валаама убежал в Свейскую землю. Бегство в протестантские страны от преследований церковных было в моде того времени. Фигура Матвея Башкина не из калибра ересиархов. Он только честная по-своему и мужественная жертва пропаганды.