Главарями бунта оказались: живший на покое архимандрит Саввина Звенигородского монастыря Никанор — человек книжный и характера твердого, казначей Геронтий, келарь Азарий и служка Фаддей. В деле о бунте сказано: «а все то пошло от архимандрита Никанора, казначея Геронтия, келаря Азария, да от Фадюшки Бородина». Тяжело было московскому правительству пустить в ход оружие против священных стен монастыря и потому тактически повели осаду, рассчитанную на то, чтобы взять бунтовщиков измором, и такая осада длилась целых 8 лет (!). Сменялись главнокомандующие, но цель ускользала из рук. Первому из командующих, Волохову в 1668 г., а затем Иевлеву в 1672 г. даны были инструкции: «потеснить», но не делать «приступа» и «не стрелять по ограде». Это блокада, а не осада и само снабжение монастыря, по-видимому, не прерывалось окончательно. Во всяком случае, запасы его были предусмотрительно собраны в весьма крупных размерах. Все амбары были полны хлебом. Было всего 90 пушек, 900 пудов пороху и множество снарядов — ядер. В 1670 г. бунтовщики первые начали стрельбу по царским войскам. Архимандрит Никанор ходил по стенам и башням, кропил святой водой и кадил пушки, говоря: «матушки голаночки, надежда у нас на вас. Вы нас обороните». Не все из братии были согласны решиться на артиллерийский бой. В числе их был и сам Геронтий. Но активисты взяли верх. Царские войска, однако, не стреляли. Блокада тянулась. Мятежники утомлялись. Приходилось им навинчивать настроение. В конце 1673 г. собрался монастырский собор. Постановлено: «за великого государя богомолье оставить». Иеромонахи и священники отказались это делать. Их бросили в тюрьму на голодовку. Началось внутреннее разложение. Стали увеличиваться перебежчики по льду в царский стан. От голодовки началась цинга. Умирали во множестве, без причастия. Хоронились без чинного отпевания. Наступал решительный момент. Из Москвы от царя пришел приказ: «искоренить мятеж». Мещерский приступил к тесному обложению и осадным работам. Перебежчик, старец Феоктист, указал воеводе секретный ход в калитку у белой башни. Войско проникло внутрь ночью 22 января 1676 г.
Военная победа не изменила духовной атмосферы севера. Во время осады вереницы богомольцев, возвращавшихся безуспешно от стен осажденного монастыря, были повсюду пропагандистами о страдающем благочестии и нечестии царя. 29-го января 1676 г., как раз после победы, скончался царь Алексей. Поползла легенда, что перед смертью царь «познал» свое «преступление» и посылал приказ — отступить. Да было уже поздно. Побежденные монахи прославлялись, как «новые страстотерпцы, преподобномученики».
Новое царствование Федора Алексеевича оживило надежды на возможный поворот в церковной политике. Как только весть о новом царе дошла до Пустозерска, Аввакум написал молодому царю просительное послание. Это — смесь традиционной преданности и фанатичного наступления. Он именует царя «блаженным и треблаженным». И обращается к нему: «милостив буди мне, господи! Помилуй меня, Алексеич, дитятко красное, церковное! Тобою хощет весь мир просветитися, о тебе люди Божии расточенные радуются, что Бог дал нам державу крепкую, незыблемую. Если не ты по Господе Бозе, кто нам поможет?» А вот и программа Аввакумова. Как в экстазе он восклицает: «А что, царь-государь, если бы ты мне дал волю, я бы их студных и мерзких жеребцов, что Илия пророк, всех что собак перепластал в один день. Сперва Никона — собаку рассек бы начетверо, а потом и никониан… Бог судит между мною и царем Алексеем. В муках он сидит — слышал я от Спаса, и то ему за правду». Тут Аввакум хватается за ветхозаветную секиру, а раньше в житии своем он считал физическое насилие делом антихристовым: «Чудо! как то в познание не хотят придти! Огнем да кнутом, да виселицей хотят веру утвердить! Которые то апостолы научили так? — не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить, еже бы огнем, да кнутом, да виселицею в веру приводить. Татарский бог Магомет написал в своих книгах сице: не покоряющихся нашему преданию и закону повелеваем их главы мечам подклонить. А наш Христос ученикам своим никогда так не повелевал. И ти учители явно, яко шиши антихристовы, которые, приводя в веру губят и смерти предают: по вере своей и дела творят таковы же». Это был последний поклон Аввакума царю.
1-го апреля 1681 г. Аввакум вместе с другими «соузниками» был предан жестокой, чуждой России, заимствованной с Запада, огненной казни «за великие на царский дом хулы». Казнимых ввели в огромный дровяной сруб. Окружающий народ стоял в ужасе, сняв шапки. Аввакум, жестикулируя двуперстным крестом, выкликал: «Будете этим крестом молиться — во век не погибнете, а оставите его — городок ваш погибнет, песком занесет. А погибнет городок, настанет и свету конец». Сжигание преследовало цель пресечения почитания могил и останков. Но со временем на месте казни появился крест, называвшийся Авакумовым. Его власти не истребляли. Аввакум, конечно, канонизован старообрядцами, и лик его изображался на иконах.