Святой Митрофан Воронежский, помимо своей личной святости, возбудил особые симпатии Петра, когда и на Воронеже и на Дону Петр строил в тылу против турок свой речной флот, при благословениях святого Воронежского пастыря, который рассматривал борьбу с турками, как священную борьбу креста с полумесяцем. Святитель не компромиссничал, а принимал царское дело по-своему, по исконному, — теократически, как дело святое, истинно православное. Дружа в этом деле с Петром, он не поощрял в нем приражения иного, нечистого духа. Когда Петр пригласил святителя на обед в свой новопостроенный домик-дворец, а при входе поставил для украшения статуэтки каких-то полуголых богинь, то святитель Митрофан, прибыв и увидев это нечестие, повернул обратно к себе домой. Петр понял свою по меньшей мере нетактичность и продолжал искренно уважать своего честного друга-противника. Когда в 1703 г. Святитель Митрофан скончался, Петр лично нес его гроб к могиле и заявил: «не осталось у меня другого такого святого старца».
Иов Новгородский не мог не нравиться Петру своей выдающейся просветительной и благотворительной деятельностью. В отличие от архиереев бездеятельных, Иов Новгородский своей предприимчивостью доказывал Петру, что земельные и экономические имущества церкви не есть «втуне гиблемые богатства». При своей кафедре он построил десять странноприимниц, пятнадцать больниц, один дом для подкидышей и высоко поднял организацию своей богословской школы, использовав ученые силы братьев Лихудов, устраненных из Москвы. Из остатков своих экономических сумм митр. Иов делал добровольные и значительные взносы в государеву казну, точно так же, как и св. Митрофан жертвовал деньги Воронежской кафедры на флот и на войну с турками.
Но большая часть великорусских архиереев и церковных сановников, как игумены и архимандриты больших многоземельных монастырей, воспринимали новый контроль Монастырского Приказа над их хозяйством с решительной оппозицией и примыкали даже в оценке всего царствования Петра к раскольничьим теориям о наступлении времен антихриста и даже об отожествлении самой личности Петра с антихристом. В 1700 г. Тамбовский епископ Игнатий привлечен был к суду и лишен сана за открытое сочувствие и поощрение подпольных писаний какого-то фанатика Григория Талицкого о том, что Петр антихрист. Игнатий, слушая из уст автора эти писания, от умиления проливал слезы. В 1707 году Нижегородский митрополит Исаия был также снят с кафедры и сослан на покой в Кирилло-Белозерский монастырь за открытый неплатеж налогов Монастырскому Приказу.