Стефан искренно, но не без партийного вдохновения, повел гласно громкое расследование. Петр понимал, что это борьба с ним, с его делом; что это — террор против иностранцев, которых Петр привлекал и соблазнял всякими выгодами и удобствами; что это — вода на мельницу русских невежд, грозящих погромами иностранцам. В качестве тактического контрудара Петр потребовал все начатое дело перевести из Москвы в Петербург, под контроль новообразованного там Сената. Привезли в Петербург для нового допроса и самих ересиархов. Сенаторы потребовали от виновных простого отречения на словах, что те с фальшивой легкостью и сделали. Тогда к Стефану и «освященному собору» при нем послан был приказ — присоединить к церкви привезенных обратно в Москву и покаявшихся вождей ереси. Стефан повиновался, но полной амнистии не дал. Он разослал якобы покаявшихся по монастырям для проверки покаяния, что было, конечно, по существу правильно. Заключенный в Чудовом монастыре Фома Иванов в диком сектантском неистовстве запасся огромным ножом и изрубил им икону московского святителя Алексея. Это было печальным, но убедительным оправданием судебной ревности Стефана Яворского. Стефан после этого, без формального разрешения петербургской власти, при полном сочувствии других собратий-епископов, созвал по исконному обычаю для суда «освященный собор» (1714 г.), на котором новоявленных иконоборцев и протестантов предал анафеме, подверг дисциплине церковного покаяния, а Фому сжег на костре. Это сжигание на костре, уже раз к нам прорвавшееся с Запада в конце ХV века через хорвата Вениамина и по рассказу австрийского посла архиепископу Геннадию, опять начало пролагать к нам путь вместе с наводнением латино-польских влияний в конце ХVII века. Даже ортодоксальные лютеране в немецкой слободе сожгли на костре своего еретика визионера и адвентиста Квирина Кульмана. Примеры заразительны, и Стефан не мог отставать в ревности по вере даже от любимцев Петра — немцев. Тем не менее царь взорвался и приказал задать Стефану выговор через Сенат. Стефану не стоило труда доказать, что бесспорная ересь на лицо. Но сенаторы смотрели с другой, утилитарной точки зрения. Они грубо выбранили Стефана и, как выражается мемуарист, «с великим студом и жалем изгнали его вон, и он плачущ вышел из палаты судебной». Стефан с этого момента переключил свою полемическую энергию в написание своего объемистого сочинения «Камень веры», подарившего русской церкви полемический аппарат для опровержения протестантства. Конечно, Стефану вовремя было сказано, что такое сочинение, вредное для государства, нуждавшегося в привлечении иностранцев, не будет напечатано. При жизни своей Стефан и не увидел его в печати. Полтора десятка лет «Камень веры» пролежал в рукописи на попечении иерархов консерваторов. Стефан из чужака постепенно превратился в столпа старомосковской ортодоксии. Это обвеяло его личность порохом, ибо лагерь, в который он попал, вел тотальную войну с Петром вплоть до прямого государственного и династического заговора. Заговорщики мечтали об освобождении насильственно постриженной жены Петра, Евдокии Лопухиной, в момент воцарения Алексея Петровича. Когда Алексей каялся своему духовному отцу, протопопу Якову Игнатову, о том, что он желает смерти своему отцу, духовник сочувственно ему говорил: «мы все желаем ему смерти». В заговоре было много лиц: и ростовский митрополит Досифей, и духовник царицы Евдокии, Федор Пустынный, и их полутайный «публицист» и агитатор, юродивый Михайло Босой, все ждали близкой смерти Петра. Сам царевич Алексей пока под благовидным предлогом убежал заграницу, но оттуда еще с большей хитростью был выманен Петром обратно и затем осужден и казнен. Переписка Алексея с русскими архиереями безжалостно выдала последних тоже на беспощадный суд разъяренному царю. Алексей переписывался с Досифеем митр. Ростовским, с Игнатием Смолой митр. Крутицким и с Иоасафом Кроковским митр. Киевским, и так формулировал свой план использования церковного авторитета: «Когда будет мне время без батюшки (а Петр в тот момент собирался заграницу), тогда я шепну архиереям, архиереи приходским священникам, а священники прихожанам, тогда они и нехотя меня владетелем учинят». Петр, конечно, подозревал широкое сочувствие епископата замыслам царевича Алексея, но судил только по прямым уликам. Освященный собор, вероятно, с трепетом исполнял свой тяжелый судебный долг. Досифей Ростовский говорил прямо на соборном суде: «Только я один попался… Посмотрите, и у всех что на уме. Извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят?» Митрополит Киевский Иоасаф умер от волнения по дороге в Москву. Лишенные собором сана и отданные на суд гражданской власти митр. Досифей и протопопы Яков Игнатьев и Федор Пустынный были казнены. Игнатий Смола по старости был пощажен и изгнан «на покой». Петр накален был против духовенства. «О бородачи!», вздыхал он, «отец мой имел дело с одним (разумея Никона), а мне приходится иметь дело с тысячами. Когда бы не монахиня (Евдокия) и не монахи, не дерзнул бы Алексей на такое неслыханное зло». Против Стефана не было улик, но партия Алексея считала его своим и рассчитывала, что Стефан снимет с царевича монашество, если он насильно будет пострижен.