Несомненно, ведущей причиной «чисток» следует считать возрастание эффективности агентурно-оперативной работы органов госбезопасности (в том числе - и с позиций партизанского движения), которые быстро приобретали опыт действий в условиях региона. В 1944—1945 гг. количество оперработников НКВД-НКГБ на ЗУЗ достигло 22 тысяч. Агентурно-информационный аппарат включал 359 резидентов, 1473 агента, 13085 информаторов (по тогдашней чекистской практике информаторы поставляли соответствующие сведения, а агенты непосредственно привлекались к активным оперативно-розыскным мероприятиям). Оперативно разрабатывалось почти 400 повстанческих формирований (до 6 тыс. участников). Упор делался на создании позиций спецслужбы непосредственно в повстанческой среде, целенаправленном ее разложении, включая компрометацию «бандглаварей» через агентурно-оперативные комбинации.
То, что подготовка и засылка агентуры в районы действий подполья ОУН поставлена «на конвейер», не составляло секрета для контрразведчиков СБ. Немало сведений о профессиональных методах органов госбезопасности выведывалось у захваченных советских разведчиков, которых готовили для работы на Западной Украине на спецкурсах в Москве, Киеве, Горьком, Ульяновске, Коломне и других городах. Сохранился составленный эсбистами как учебное пособие томик материалов о разработке следователями СБ выпускника специальной школы № 2 МГБ УССР некоего Байды. Достаточно долго он излагал свою легенду — дескать, сын раскулаченных, попал к одесской шпане (даже пел знаменитую «Мурку», добросовестно записанную эсбистами), приехал в Галичину на заработки (действительно, в регион хлынуло немало жителей Востока Украины, «заробитчан», а затем и спасавшихся от голодомора 1946—1947 гг.). Постепенно, действуя то «рукой», то уговорами, то изобличением противоречий в показаниях, эсбисты «слой за слоем» снимали наносное, обещали сохранить жизнь и наконец «раскололи» Байду. Для поощрения к откровенному разговору подследственному щедро давали кружку спирта.
Разведчик поведал, что законченное им учебное заведение до войны находилось в Москве, а затем эвакуировалось в Куйбышев, подготовив за годы войны 240 диверсантов и радистов для зафронтовой работы. В Киеве же оно работало в режиме 3-месячных курсов для подготовки негласных сотрудников госбезопасности для действий в Западной Украине. В спецшколу набирали мужчин 28-40 лет, овладевавших ремеслом портного, жестянщика, столяра, сапожника, чтобы без подозрений оседать в селах и общаться с широким кругом людей. Основными предметами были «Как распознать подпольщиков и следить за ними», «Устройство крыивок» (конспиративных убежищ подпольщиков), «Легенды». Курсанты пребывали на положении военнослужащих. Получали содержание в 300 рублей и полное гособеспечение, жили и питались в старом здании школы. О быте подопечных заботился старшина Иванов, водивший их в баню и ежедневно устраивавший беседы «о товарищеском поведении». До 18 часов курсанты посещали занятия под руководством офицеров и занимались самоподготовкой, в полночь объявлялся отбой. Учеба завершалась экзаменом и торжественным обедом с пивом, выпускник получал полкило консервов и буханку хлеба, 300 целковых, инструменты для работы по специальности прикрытия и отбывал в назначенный район мятежной Галичины. Байда в конце «работы» с ним припомнил свои украинские казацкие корни и сожалел о работе на «советы», объявленный ему суровый приговор встретил спокойно…
Во-вторых, давали о себе знать значительные потери «лесной армии» в боях с крупными контингентами регулярных войск, усиленных оперативным составом, истребительными батальонами из местных жителей, агентурно-боевыми группами и «вооруженным активом». Части и соединения Внутренних войск были отлично оснащены боевой техникой и тяжелым оружием. Так, по штату мотострелковая бригада войск НКВД имела 4025 штыков, 50 легких танков, 50 бронемашин, 335 автомашин, 45 минометов и 30 станковых пулеметов. Применялась и штурмовая авиация, бронепоезда.
Наконец, советские партийные и властные структуры создавали условия для отрыва от подполья его участников и активных помощников. 12 февраля 1944 г. выходит обращение Президиума Верховного Совета и Совета Народных Комиссаров «К участникам так называемых УПА и УНРА» с предложением амнистии и социальных гарантий участникам сопротивления, сложившим оружие. 12 февраля 1945 г. подобное обращение повторили, а за год мирными инициативами воспользовались свыше 30 тыс. человек (что лишний раз подчеркивает массовый состав антисоветского движения сопротивления).